Euskal Herriak, ordea, desabantaila garrantzitsua izan zuen hezkuntza-egiturari zegokionez, inguruko herrialdeekin alderatuta: ez zen berezko euskal unibertsitaterik izan 1936ra arte, Eusko Jaurlaritzak Bilboko Medikuntza Fakultatea sortu zuen arte. Egia esan, behin eta berriz fruiturik eman ez zuten saialdiak egin ziren unibertsitate bakar bat sortzeko hiru probintzia historikoetarako eta Nafarroarako; baina izan ziren tokiko unibertsitateak sortzeko proiektu arrakastatsu ugari ere (Oñatiko Sancti-Spiritus unibertsitate-eskola eta Iratxeko Kolegioa. 1869ra arte, ordea, ez zen sortu Gasteizko Unibertsitate Literarioa, irakaskuntzako askatasun-legeen babesean; Zientzia Fakultate bat izan zen bertan, baina bizitza laburra izan zuen.
XX. mendean aldi berri bat ireki zen: Bigarren Errepublikatik aurrera gauzatzen hasi, eta bertan iritsi zen gorenera euskal unibertsitatearen erakundetzea. Erakunde-ikuspuntutik, fundaziorik garrantzitsuenak hauek izan ziren: Deustuko Unibertsitate Komertziala (1916), Bilboko Unibertsitatea (1936), Donostiako Ingeniaritza eta Zuzenbideko Goi-mailako Ikasketen Zentroa (1939), Donostiako Enpresaritzako Goi Eskola Teknikoa (1956), Opus Dei-ko Nafarroako Unibertsitatea (1960), Bilboko Unibertsitatea (1968), Euskal Herriko Unibertsitatea (1980) eta Nafarroako Unibertsitate Publikoa (1987); guztiak -lehenengoa izan ezik- irakaskuntza zientifikoaren bultzatzaile izan ziren.
XX. mendean aurrera egin arte ez zen berezko euskal unibertsitate autonomorik izan, eta horrek izan zituen ondorioak. XIX. eta XX. mendeetan, ikastetxe horiek oinarrizko funtzioa izan zuten jarduera zientifikoak sustatzen. Era berean, irakasle kualifikatuak, estatuaren diru-funts handiak eta laborategi eta museoetarako baliabide materialak erakartzen zituzten; eta ondasun horiek garrantzi handia zuten zientzialariak bere prestakuntza amaitu ezin zuen (eta, askotan, bere lanean aritu ezin zuen) herrialde batean. Are gehiago, unibertsitate-barruti propio bat izateak probintziak elkartzen laguntzen zuen erakunde- eta administrazio-mailan, eta baita herrialdeko zientzia-elitea antolatzen ere. Ez zen, beraz, errealitate hori bizi izan Euskal Herrian, lurralde historikoak Valladolideko Unibertsitatearen mendean egon baitziren, lege- eta administrazio-helburuetarako, eta Nafarroa, berriz, Zaragozako Unibertsitatearen mende. 1969ra arte ez zen sortu Bizkaiko Unibertsitate Barrutia, gero Euskal Herrira hedatu zena.