Ezein parlamentu-sistemaren barruan arruntak diren erlazioak daude Nafarroako Gobernuaren eta Parlamentuaren artean ere. Nafarroako Gobernuak, parlamentuaren konfiantza jaso behar du, lehendakaria hautatzeko unean eta ostera ere, eta Nafarroako parlamentuak Gobernuaren eta bere lehendakariaren ekintza politikoa eta gobernu-jarduna bultzatu eta kontrolatzen ditu.
Nafarroako Gobernuaren lehendakaria eta kontseilariak erantzule solidarioak dira Nafarroako Parlamentuaren aitzinean beren kudeaketa politikoaz, beren kudeaketan duten erantzukizun zuzena deusetan ukatu gabe. Parlamentuak, bere lehendakariaren bitartez, bere eginkizunak aurrera eramateko beharrezkotzat jotzen dituen argibideak eta haren kideen agerpena eskatzen ahal dizkio Nafarroako Gobernuari. Parlamentariek Gobernuari eskaera, galdera eta jabeldurak egin diezazkiokete, baita mozioak aurkeztu ere, hori guztia Nafarroako Biltzarreko Erregelamenduak adierazten duen gisan. Gobernuko lehendakariak eta kontseilariek Parlamentuko osoko bilkuretara eta Batzordeen bilkuretara agertzeko eta hantxe entzunak izateko eskubidea dute (NFEBHLOko 31, 32 eta 33. artk.).
Parlamentuaren konfiantza beharrezko jotzen den ezein momentuan berrets edo ken daiteke, hala lehendakariaren ekimenez (konfiantza-eskea, Parlamentuaren desegitea), nola Parlamentuak berak (zentsura-mozioa).
Nafarroako Gobernuko lehendakariak bere jarduketa-programari buruzko konfiantza-eskea egin ahal izanen du Parlamentuaren aitzinean, Nafarroako Biltzarreko Erregelamenduan erabakitzen duen gisan. Konfiantza emantzat hartuko da baldin eta foru parlamentarien gehiengo soilak haren aldeko botoa ematen badu. Aipatutako gehiengoa lortzen ez bada, Gobernuko lehendakariak konfiantza-eskea galtzen du, eta horrek berehala aurkeztu beharko du dimisioa, eta lehendakari funtzioetan jardungo du lehendakari berriak kargua hartu bitartean, dimisioaren ondotik berria hautatzeko prozedura abian jarriko baita segituan (NFEBHLOko 34. art. eta NGFLko 21. art.).
Parlamentuak Gobernuaren erantzukizun politikoa exijitzen ahal du erabateko gehiengoaz zentsura-mozioa onetsiz. Nafarroako Gobernuko lehendakaria hautatzeko gehiengo soila nahikoa bada ere, hura kargutik kentzeko foru parlamentarien erabateko gehiengoaren aldeko botoa eskatzen da. Gainera, zentsura-mozio eraikitzailearen aldeko eredua jasotzen du Hobekuntzak: zentsura-mozioak, nahitaez Nafarroako Gobernuko lehendakaritzarako hautagai baten proposamena ekarri behar du berekin. Zentsura-mozioak Parlamentuko Erregelamenduak erabakitzen duen gisan aurkeztu eta izapidetuko dira. Nolanahi dela ere, zentsura-mozioa Parlamentuko kideen bostetik batek proposatu beharko du gutxienez. Zentsura-mozioa onesten ez bada, haren sinatzaileek ezin izanen dute besterik aurkeztu batzarraldi berean. Parlamentuak Gobernuaren kontrako zentsura-mozioa onesten badu, haren lehendakariak berehala aurkeztuko du dimisioa, eta onetsitako mozioan proposaturiko hautagaia izendatuko da Nafarroako Gobernuko lehendakari (NFEBHLOko 35. art.).
Nafarroako Gobernuko lehendakariak, bere ez beste inoren erantzukizunpean eta behin Nafarroako Gobernuak gaia eztabaidaturik, Nafarroako Parlamentua legegintzaren berezko epea amaitu baino lehen desegitea eta hauteskundeak deitzea erabaki dezake. Alabaina, Gobernuari buruzko Foru Legeak lehendakariaren eskumen esklusibo hori mugatu egin du. Honako kasuotan ezin izanen du erabaki Parlamentua desegitea: legegintzaldiko lehenbiziko bilkuraldian; legegintzaldia amaitzeko urtebete baino gutxiago falta denean; zentsura-mozio bat tramitatzen ari den bitartean; Estatuko hauteskunde prozesu baterako deia egina dagoenean; eta prozedura bera erabiliz Parlamentua desegin zenetik gutxienez urtebete pasatu ez denean (NGFLko 22. art.).