Las relaciones entre el Gobierno y el Parlamento de Navarra son las ordinarias dentro de un sistema parlamentario. El Gobierno de Navarra debe contar con la confianza parlamentaria, tanto en el momento de la elección del Presidente como posteriormente, y el Parlamento de Navarra impulsa y controla la acción política y de gobierno del Gobierno de Navarra y de su Presidente.
El Presidente del Gobierno de Navarra y los Consejeros responden solidariamente ante el Parlamento de Navarra de su gestión política, sin perjuicio de la responsabilidad directa de los mismos en su gestión. El Parlamento, por medio de su Presidente, podrá recabar del Gobierno de Navarra la información que considere necesaria para el ejercicio de sus funciones, así como la presencia de sus miembros. Los parlamentarios podrán formular ruegos, preguntas e interpelaciones al Gobierno de Navarra, así como presentar mociones, todo ello en los términos que señale el Reglamento del Parlamento de Navarra. El Presidente del Gobierno y los Consejeros tienen derecho a asistir y a ser oídos en las sesiones del Pleno y de las Comisiones del Parlamento (arts. 31 a 33 LORAFNA).
La confianza parlamentaria se puede confirmar o se puede retirar cuando se considere necesario, tanto a iniciativa del Presidente (cuestión de confianza, disolución del Parlamento) como del propio Parlamento (moción de censura).
El Presidente del Gobierno de Navarra puede plantear ante el Parlamento de Navarra, previa deliberación del Gobierno, la cuestión de confianza sobre su programa de actuación, con arreglo a la tramitación prevista en el Reglamento del Parlamento de Navarra. Se entenderá renovada la confianza del Parlamento cuando se obtenga la mayoría simple de los votos de la Cámara. Si no se logra la mayoría indicada, el Presidente del Gobierno pierde la cuestión de confianza, debe presentar inmediatamente la dimisión, y permanece en funciones hasta la toma de posesión de un nuevo Presidente, a cuya elección se procederá inmediatamente (art. 34 LORAFNA y art. 21 LFGN).
El Parlamento podrá exigir la responsabilidad política del Gobierno mediante la aprobación por mayoría absoluta de una moción de censura. Si bien basta la mayoría simple para elegir al Presidente del Gobierno de Navarra, su remoción requiere el voto favorable de la mayoría absoluta de los parlamentarios forales. Además, el Amejoramiento opta por el modelo de la moción de censura constructiva: la moción debe incluir necesariamente la propuesta de un candidato a la Presidencia del Gobierno de Navarra. Las mociones de censura se plantearán y tramitarán en la forma que determine el Reglamento del Parlamento. En todo caso, la moción deberá ser propuesta, al menos, por una quinta parte del número de los parlamentarios forales. Si la moción de censura no fuese aprobada, sus signatarios no podrán presentar otra durante el mismo periodo de sesiones. Si el Parlamento aprueba la moción de censura, su Presidente presentará inmediatamente la dimisión, procediéndose a nombrar Presidente del Gobierno de Navarra al candidato propuesto en la moción aprobada (art. 35 LORAFNA).
El Presidente del Gobierno de Navarra, bajo su exclusiva responsabilidad y previa deliberación del Gobierno de Navarra, puede acordar la disolución del Parlamento de Navarra, y convocar nuevas elecciones, con anticipación al término natural de la legislatura. No obstante, la Ley Foral de Gobierno ha acotado esta facultad exclusiva del Presidente. En los siguientes casos no podrá acordar la disolución del Parlamento de Navarra: durante el primer período de sesiones de la legislatura, cuando falte menos de un año para la terminación de la legislatura, cuando se encuentre en tramitación una moción de censura, cuando se encuentre convocado un proceso electoral estatal, y antes de que transcurra el plazo de un año desde la última disolución por este procedimiento (art. 22 LFGN).