Tenpluak oinplanta laukizuzena du, bi tramu dituzten hiru nabekoa, eta burualde haundi bat, tramu bakarrekoa bainan hain zabala da, gurutzadura eginkizuna egiten duela. Tenplua garai ezberdinetan eraikia dagoenez hainbat estiloetako egitura eta elementuak ditu. Egitura zaharrenak XII. mendekoak dira eta iparraldeko horman daude, hain zuzen eskoletako patiora ematen duen horman: arkutxo itsu batzuk eta lonbardiar faxa bat, erromanikoaren fase klasikoan eginak. Pixka bat beranduagokoak, XII. mende bukaeran eta XIII.aren hasieran eraikitako elementu batzuk, tenpluaren iparraldean eta oinetan ikusi daitezke. Bertan kokatua dago egitura sendodun portada erromaniko bat, erdi puntuko ate txaranbeldu bat duena, eta agatz batekin. Bertako harburu erromanikoek landareak eta gizakiak dituzte. Tenpluaren barrukaldean ere badaude ikusgai oraindik leiho txiki eta landare gai soilak dituzten kapitel bakan batzuk, garai honetan egindakoak izan daitezkenak.
Gotikoaren garaian, XIII. mende bukaeran eta batez ere XIV. mendean, eraiki ziren elizaren nabeak bere ganga guztiekin eta burualdea, geroago desagertuko zena. Gangak gurutzekoak eta tertzeletezkoak dira, eta berau sostengatzen dituzten kolomak berriz, oktogonalak atxikitutako kolomekin. Gangetako giltzarriek nobleziaren harmarriak dituzte, Mendozatarrenak esate baterako, hiriaren harmarria ere bai, eta bestelako erlijio gai batzuk ere, hala nola San Pedroren giltzak, aingeruak, interpretatzeko zailak diren gizonezko pertsonai batzuk, gai geometrikoak eta landarezkoak.
Garai honetan eraikitako egiturarik ikusgarriena portada monumentala da zalantzarik gabe, hegoaldean dagoena. Arabako eta Euskal Herriko portadarik monumentalenetariko bat da. Bere kontserbazio egoera ona babesten duen portikoari esker lortu da. Ziurrenik garai berean egindako bat izango zuen arren, gaur egungoa XVI. mendean egindakoa da, 1552an kapera bat baitzen. Ateaurre monumental hau XIV. mende bukaerakoa da, XV. mendearen lehen urteetan bukatua. Bere egitura gotikoan ohikoa da: arku zorrotz haundi bat, arkibolta askorekin, tinpano luze batekin, bi ateko sarrera erdian mainela duelarik, eta ate zangoetan arkiboltekin bat eginez, santuen irudiak gordetzen dituzten doseleteak.
Portiko honen bazter batean Antso Abarka erregea bezala ezagutu den errege-erreginen bi irudi daude, baina Carlos III.a eta Leonor Trastamarakoa direla pentsatzea da egokiena, errege hauen agintaldian eraiki baitzen portikoa.
Portada hauek liburu irekiak izan ohi ziren, alfabetatu gabeko herriak erlijioaren misterioak eta gaiak ulertu ahal izateko eginak. Horrela bada programa ikonografiko zehatz bat garatzen dute. Kanpoko arkiboltetan profetak aurkitzen ditugu, Isaias, Abraham, Moises, David erregea eta Joan Bataiatzailea, besteak beste. Hurrengo ilaran, emakumezko santuak eta martiriak, Santa Margarita, Santa Klara eta Maria Magdalena bezalakoak, eta lehenbiziko arkuan Ama Birjinari kantatzen dioten aingeru musikari batzuk, zeruaren eta paradisuaren erakusle direnak.
Atezangoetan apostoluak daude eta atearen mainelean, erdian eta guztiaren buru, Ama Birjina Haurrarekin. Tinpanoan, Ama Birjinaren gainean alegia, bere bizitzako hainbat pasarte kontatzen dira hurrenez hurren: Haurtzaroaren zikloko Deikundea, Bisitazioa eta Erregeen Adorazioa, Ama Birjinaren Loaldia, eta mezua bukatzeko, Zeruratzea eta Koroatzea. Portada honek Ama Birjina goraipatzea du helburu, jende xumearen debozioa pizteko, bera baita Guardiako eliza honen patroi eta zaindaria.
Eliza hau obra gotikoarengatik ezaguna bada ere, XVI. mendean izan zuen eraldaketarik haundiena. 1549an hiru absideko burualde gotikoa bota zuten berri bat egiteko. Domingo de Asteasu eta Iñigo de Zarraga hargin eta arkitektoak egin zuten lana bertan 1570-1579 tartean lehenbizikoak, eta 1579 eta 1584 urteen bitartean bigarrenak. Bi artista hauek burualdeari egitura moderno bat eman zioten errenazimendu estilo bikain batean. Ordukoa da burualde poligonal zabala, barrukaldetik benera ikusgarri eta original bat duena, bakarra baita Euskal Herrian. Nabeak baino zabalagoa den burualde bat egin zioten gurutzadura itxura hartu zezan eta zabalera berri honek sortzen zituen arazo tektoniko eta estetikoak saihesteko, konponbide original bat hautatu zuten: erdiko tramua ez da laukia trapezoidala baizik, eta albokoak berriz, erronbo formakoak. Alboko tramu hauei gurutze-gangaz estaliak dauden bi kapera txiki erantsi zizkieten eta horrela lortu zuen gurutzadura bat ematea tenplu gotikoari, eta horrekin batera bi estiloen arteko bateratze eder bat. Garai honetan ere burualdeari sakristia bat atxikitu zioten, kupula semiesferikoa duena eta Ortuño de Zarraga arkitektoak egin zuena.
Burualdeko ganga nagusia da XVI. mendeko estiloaren erakusgarri bikainenetako bat, garai honetan oraindik ohikoak ziren izar gangak jarri ordez, harrizko kasetoidura errenazentista bat daukalako. Bertan daude Aita Eternoa eta Ebangelarien erliebe batzuk ere.
Eliza honek mendebaldean kanpaidorre bat dauka, abate dorrea deitzen dena. Jatorrian defentsarako erabiltzen zen hiribilduaren harresiaren parte zelako, baina almenak kendu eta kanpaidorre bihurtu zuten. Oinplanta karratua du eta beheko partea erromanikoa da, XII. mende bukaera eta XIII.aren hasierakoa. Estilo honi dagozkio beheko leiho zorrotzak eta Salbatorearen erliebe eder bat. Goiko zatia pixka bat beranduagokoa da, baina Erdi Arokoa baita ere, XIV. mende ingurukoa. Leiho txaranbeldu batzuk ditu eta San Benitoren irudi bat babesten duen gablete txiki bat.