Religioso agustino. En 1552 ingresa en el convento de San Agustín de México. Seis años más tarde es maestro de novicios. No ceja, sin embargo, en sus proyectos sobre las nuevas tierras, que participa a Felipe II. Este solicita su personal colaboración (1559). En 1561 el guipuzcoano le hace llegar un extenso documento dirigido a él y al Consejo de Indias titulado Memoria de las cosas que me parece que será bien que el Rey nuestro señor tenga noticia dellas, para que mande proveer de lo que más fuere servido, en el cual se estudiaban con minuciosidad todos los detalles de la futura aventura, recomendando que se conquistara Nueva Guinea. Al cabo de un tiempo el Rey ordena al virrey Luis de Velasco que prepare otra expedición ya que la anterior, comandada por Rui López de Villalobos, había fracasado. El 21 de noviembre de 1564 zarpa del puerto de Natividad la flota al mando de Miguel López de Legazpi con Urdaneta como «prelado protector de indios» pero, de hecho, jefe de pilotos, y cinco religiosos. Contra su opinión, el destino era Filipinas.