Expedición a las Molucas. En 1524 conoce a Elcano y al año siguiente, siendo aún un adolescente, embarcó de grumete en La Coruña con la desgraciada expedición de García de Loaisa hacia las Molucas en las que morirían el mismo Loaisa y Elcano, al que asistió en sus últimos momentos. El objetivo es llegar a este archipiélago por la ruta de Occidente. Ya desde estos inicios demuestra el talento despierto de un científico en ciernes anotando en su diario todo lo que ocurre. Tras atravesar el estrecho de Magallanes, perderse naves, caer muchos expedicionarios bajo el escorbuto, desembarcan en las Molucas los 120 sobrevivientes, muchos de ellos vascos. Allí tuvieron que vérselas con los portugueses contando con la protección de algunos reyes locales. En un fortín comandado por Urdaneta y Hernando de la Torre resistió hasta 1529 en que, tras su capitulación, un trato entre Carlos V y el Rey de Portugal, les obliga a abandonar la empresa.