Retorno a México. Reposando se halla cuando fallece en su convento de México el 3 de julio de 1568, a los años 60 años. Gracia de Urdaneta, hija del cosmógrafo y de una india de Gilolo o Maluco, dio continuidad a su estirpe. En Manila se levantó en 1893 un grupo escultórico, obra de Querol, en el que figura Urdaneta junto con Legazpi. En Ordizia se le erigió en 1904, mediante una suscripción pública, una estatua obra de Isidoro Uribesalgo. Un tercer monumento se erige en la base naval de Acapulco.