El Amejoramiento no regula la composición del Gobierno de Navarra; sólo se refiere a la figura de su Presidente. Ha sido tarea de la Ley Foral prevista en el art. 25 LORAFNA concretar la composición, el nombramiento y el cese del Gobierno de Navarra.
El Gobierno de Navarra es un órgano complejo, dentro del cual se pueden distinguir otros órganos, como el Presidente del Gobierno de Navarra y los Consejeros. Tanto el Presidente como los Consejeros reúnen la doble condición de miembros del Gobierno de Navarra y de órganos unipersonales titulares de facultades y competencias específicas. A la diferenciación tripartita de órganos mencionada se corresponden los tres principios básicos de funcionamiento del Gobierno de Navarra: el principio colegial, el principio de dirección presidencial y el principio departamental. Además, la legislación foral ha establecido diversos órganos o unidades administrativas de asistencia y apoyo.
El Gobierno de Navarra es un órgano colegiado compuesto de su Presidente y los Consejeros (art. 4 LFGN). Se reúne periódicamente, previa convocatoria de su Presidente, con remisión del orden del día de la sesión, o por decisión de su Presidente o cuando existen causas urgentes, sin necesidad de remitir orden del día (art. 8 LFGN). Para la válida adopción de acuerdos, es necesaria la presencia del Presidente, o de quien legalmente le sustituya, y al menos la mitad de los Consejeros. Las deliberaciones son reservadas y secretas, y los miembros del Gobierno están obligados a mantener dicho carácter, aun después de haber cesado en el cargo. Como órgano colegiado, los miembros del Gobierno de Navarra concurren de forma paritaria a la formación de la voluntad del órgano: "las decisiones del Gobierno de Navarra, adoptadas tras la oportuna deliberación, constituyen la expresión unitaria del mismo, quedando obligados a su cumplimiento todos sus miembros" (art. 10.1 LFGN).
Las decisiones del Gobierno de Navarra adoptarán la forma de Decreto Foral Legislativo, de Decreto Foral o de Acuerdo (art. 12 LFGN). Adoptarán la forma de Decreto Foral Legislativo las decisiones que aprueben normas en virtud de una delegación legislativa del Parlamento de Navarra. Adoptarán la forma de Decreto Foral las disposiciones generales aprobadas por el gobierno en ejercicio de su potestad reglamentaria, las concesiones de honores y distinciones que otorgue el Gobierno y las resoluciones que deban adoptar dicha forma jurídica porque así lo exija alguna disposición legal. Las demás decisiones revestirán la forma de Acuerdo.
El procedimiento de elección del Presidente del Gobierno está regulado en el art. 29 del Amejoramiento, disposición que fue modificada mediante la Ley Orgánica 1/2001, de 26 de marzo. El Presidente es elegido por el Parlamento, de entre sus miembros, y nombrado por el Rey. El Presidente del Parlamento, previa consulta con los grupos políticos, propone un candidato a Presidente del Gobierno. El candidato presentará su programa al Parlamento. El candidato resulta elegido si obtiene mayoría absoluta en primera votación o mayoría simple en una segunda votación efectuada veinticuatro horas después. Si no obtiene mayoría simple, el candidato quedará rechazado y se tramitarán nuevas propuestas de candidato. Si, transcurrido el plazo de treinta días naturales a partir de la primera votación, ningún candidato hubiera sido elegido, el Parlamento quedará disuelto, convocándose de inmediato nuevas elecciones.
El nombramiento corresponde al Rey, mediante Real Decreto, que será publicado en el Boletín Oficial del Estado y en el Boletín Oficial de Navarra (art. 24 LFGN).
La legislación foral ha optado por otorgar al Presidente un carácter político preeminente sobre los Consejeros. Las atribuciones y competencias del Presidente del Gobierno de Navarra van más allá de la mera presidencia de un órgano colegiado. El Presidente es el único miembro del Gobierno de Navarra que, necesariamente, ha de tener una doble legitimación democrática: la legitimación democrática directa en cuanto parlamentario foral elegido por el pueblo de Navarra y la legitimación derivada de su elección por el Parlamento de Navarra. Entre sus atribuciones destacan las siguientes (art. 30 LFGN):
- ostenta la más alta representación de la Comunidad Foral y la ordinaria del Estado en Navarra (art. 30 LORAFNA);
- establece las directrices generales de la acción de gobierno, de acuerdo con su programa político, la dirige y coordina, y representa el Gobierno de Navarra;
- promulga, en nombre del Rey, las leyes forales aprobadas por el Parlamento de Navarra;
- convoca elecciones al Parlamento de Navarra y, bajo su exclusiva responsabilidad y previa deliberación del Gobierno, puede acordar la disolución anticipada del Parlamento de Navarra y la convocatoria de nuevas elecciones;
- puede plantear la cuestión de confianza ante el Parlamento de Navarra;
- crea, modifica, agrupa y suprime los departamentos de la Administración de la Comunidad Foral de Navarra, estableciendo su denominación y ámbito competencial;
- nombra y cesa a los Consejeros y, en su caso, a los Vicepresidentes, y al Portavoz del Gobierno de Navarra.
Las decisiones propias del Presidente del Gobierno de Navarra, con efectos jurídicos, adoptarán la forma de Decretos Forales del Presidente (art. 32 LFGN).
El Presidente cesa por las siguientes causas: fallecimiento, incapacidad física o psíquica permanente que lo imposibilite para el ejercicio del cargo, dimisión, pérdida de la cuestión de confianza, aprobación de una moción de censura, celebración de elecciones al Parlamento de Navarra, y sentencia judicial firme que lleve aparejada la inhabilitación para el ejercicio del cargo (art. 27 LFGN). En los supuestos de dimisión del Presidente, pérdida de la cuestión de confianza, aprobación de una moción de censura, o tras la celebración de las elecciones al Parlamento de Navarra, el Presidente cesante continuará en el ejercicio de sus funciones hasta la toma de posesión del nuevo Presidente del Gobierno de Navarra. El Presidente en funciones ejercerá todas las atribuciones propias del presidente del Gobierno de Navarra, salvo las relativas al nombramiento y cese de los Consejeros, la creación, modificación y supresión de Departamentos, y el planteamiento de la cuestión de confianza, y no podrá ser tampoco objeto de una moción de censura (art. 28 LFGN). El Vicepresidente o el Consejero que, por fallecimiento, incapacidad permanente o inhabilitación del Presidente del Gobierno de Navarra, sustituya al Presidente tendrá derecho a los mismos honores y tratamiento que éste, y ejercerá sus funciones y competencias, salvo las relativas a plantear la cuestión de confianza, a disolver el Parlamento de Navarra y a cesar a los miembros del Gobierno de Navarra, y no podrá ser tampoco objeto de una moción de censura (art. 29.2 LFGN).
Los Presidentes del Gobierno de Navarra han sido: Gabriel URRALBURU TAINTA (PSOE-PSN: 1984-1991), Juan Cruz ALLI ARANGUREN (UPN: 1991-1995), Javier OTANO CID (PSOE-PSN: 1995-1996) y Miguel SANZ SESMA (UPN: 1996-actualidad).
La denominación de "Consejeros" no se encuentra en el Amejoramiento, que en su lugar utiliza la denominación histórica de "Diputados Forales" (arts. 30, 31 y 33) o de "miembros de la Diputación Foral" (art. 27). La legislación más reciente parece haberse decantado por el uso de la denominación "Consejeros del Gobierno de Navarra" o "Consejeros" simplemente (vid. arts. 39 ss. LFGN).
Los Consejeros son, a la vez, miembros del Gobierno de Navarra y titulares de uno o más departamentos de la Administración de la Comunidad Foral que les haya asignado el Presidente (art. 39 LFGN). La legislación foral parece excluir de esta forma la figura del Consejero "sin cartera".
Una vez que el Presidente del Gobierno de Navarra haya sido nombrado con arreglo a lo previsto en el art. 29 del Amejoramiento, nombrará libremente a los Consejeros y, en su caso, nombrará de entre ellos uno o varios Vicepresidentes (arts. 5 y 40.1 LFGN). Por tanto, el Vicepresidente "puro" no existe: se tratará, en su caso, de uno o varios Vicepresidentes que serán al mismo tiempo Consejeros titulares de uno o varios departamentos. Si se nombran varios Vicepresidentes, se señalará el orden de los mismos. El Vicepresidente o los Vicepresidentes, además de las funciones que pueda encomendarles o delegarles el Presidente del Gobierno, y de las que les correspondan como titulares de sus respectivos departamentos, sustituirán y suplirán a aquél, por su orden, en los supuestos regulados en la legislación foral (art. 38 LFGN).
Las disposiciones de carácter general y las resoluciones administrativas de los Consejeros adoptan la forma de Orden Foral (art. 42 LFGN).
La Ley Foral de Gobierno ha regulado los siguientes órganos de asistencia y apoyo directo al Gobierno de Navarra:
- la Oficina del Portavoz del Gobierno de Navarra es un órgano de apoyo al Portavoz del Gobierno de Navarra, el cual será nombrado libremente por el Presidente del Gobierno de Navarra, sin que el cargo haya de recaer necesariamente en un Consejero (arts. 15 y 16 LFGN);
- el Secretariado del Gobierno de Navarra es un órgano de apoyo al Consejero que ejerza de Secretario del Gobierno de Navarra, que será el Consejero titular del departamento a que corresponda la materia de Presidencia (art. 17 LFGN);
- la Comisión de Coordinación es el órgano colegiado interdepartamental encargado de examinar los asuntos que vayan a ser debatidos por el Gobierno en sus reuniones, pero sin competencia decisoria alguna (art. 18 LFGN);
- los Gabinetes son unidades de apoyo político, técnico y administrativo a los miembros del Gobierno y cuyos miembros son nombrados y cesados libremente como personal eventual (art. 19 LFGN).