El Gobierno de Navarra ejerce las funciones típicas de una institución gubernamental en el sistema parlamentario. El art. 7 de la Ley Foral del Gobierno de Navarra y de su Presidente enumera de forma prolija las atribuciones del Gobierno de Navarra. A continuación se relacionan sus principales funciones:
- El Gobierno de Navarra "establece la política general y dirige la Administración de la Comunidad Foral de Navarra" (art. 2 LFGN). Esta formulación expresa la llamada "función de dirección política" típica de una institución gubernamental.
- El Gobierno de Navarra ejerce la función ejecutiva. Con un planteamiento mucho más escueto y restringido que la Ley Foral 14/2004, el Amejoramiento se limita a establecer los medios o potestades de que dispone el Gobierno a tal efecto: la potestad reglamentaria, la potestad de dictar actos administrativos para la aplicación de las disposiciones de carácter general y la potestad de revisar en materia administrativa o económico-administrativa previa a la judicial (art. 23.1 LORAFNA). En cualquier caso, la potestad reglamentaria no se circunscribe a la ejecución de normas de rango legal y que también incluye la adopción de reglamentos independientes.
- El Gobierno ejerce las funciones legislativas habituales en una institución gubernamental. Estas funciones vienen reconocidas en el Amejoramiento. Por un lado, ejerce la iniciativa legislativa general en relación con proyectos de ley sobre cualquier materia de competencia de la Comunidad (art. 19.1 LORAFNA), y tiene el monopolio de la iniciativa en relación con los proyectos de ley de presupuestos (art. 18.1 LORAFNA). Por otro lado, dicta decretos legislativos en ejercicio de la legislación delegada (art. 21 LORAFNA).
- Al Gobierno de Navarra le corresponde la iniciativa para la reforma del Amejoramiento o la competencia para suscribir convenios económicos con el Estado. La propuesta de reforma que resulte de las negociaciones con el Gobierno central o los convenios económicos suscritos por los ejecutivos navarro y central deben ser sometidos a la aprobación por el Parlamento de Navarra y por las Cortes Generales (arts. 45.4 y 71 LORAFNA).
- El Gobierno de Navarra "velará especialmente por la defensa de la integridad del régimen foral de Navarra, debiendo dar cuenta al Parlamento de cualquier contrafuero que pudiera producirse" (art. 24 LORAFNA). El término "contrafuero" es la expresión tradicionalmente utilizada para referirse a las vulneraciones del régimen foral. No obstante, la citada disposición tiene más carácter político que jurídico. Por una parte, el Amejoramiento deja claro que su objeto es el de "integrar en el Régimen Foral de Navarra todas aquellas facultades y competencias compatibles con la unidad constitucional" (art. 3.1 LORAFNA). Por otra parte, para la resolución de las controversias sobre supuestos "contrafueros" debe acudirse en la actualidad a las vías jurisdiccionales previstas en el ordenamiento constitucional (básicamente el conflicto de competencias y el recurso de inconstitucionalidad), tal y como - por otra parte - recuerda el art. 36 del propio Amejoramiento. En suma, se trata de la función de defensa de la autonomía propia que toda entidad dotada de autonomía puede ejercer en el marco del ordenamiento jurídico.