Hay dos tendencias entre los investigadores del nacionalismo vasco. Una de ellas reduce el nacionalismo al movimiento político iniciado por Sabino Arana en 1893. Sin embargo, a lo largo de estas líneas se tratará de situar las raíces del nacionalismo más atrás, en los procesos de unificación habidos en España y en Francia, y, más concretamente, en las respuestas dadas a dichos procesos en los territorios vascos. De hecho, los vascos de ambos lados de la frontera supieron conservar las líneas maestras de su autonomía, los fueros; los territorios colindantes, por el contrario, perdieron su autonomia jurídica. El poseer instituciones propias y el carácter especial de la lengua propiciaron una literatura ensayística amplia a partir del siglo XVI, como forma de mostrar la especificidad de la identidad de los vascos. Los cambios económicos eran cada vez más notables, y los ataques contra los fueros ganaban intensidad y aumentaban; ante esa situación de inseguridad, se estrecharon los lazos institucionales entre los territorios vascos -muy débiles hasta entonces-, y tal como ocurría en otros territorios europeos, se fue extendiendo el término nación; pero en cualquier caso, sin poner en duda la unidad del estado correspondiente, tanto al norte como al sur del Bidasoa. Con la Revolución Francesa, la tensión con las tres provincias del norte llegó a su punto más alto, ya que perdieron los últimos restos de autonomía que poseían. En la Guerra de la Convención, que había estallado como consecuencia de la Revolución, las tropas francesas ocuparon Guipúzcoa, y las Juntas Generales de Guipúzcoa propusieron que se reuniesen los territorios vascongados, bajo el control de Francia, para actuar como estado-tapón entre España y Francia. A pesar de que la mayoría de los guipuzcoanos mantuvieran su lealtad a la monarquía española, la propuesta de las Juntas dejó en evidencia la fragilidad de la lealtad política de otros muchos. No tuvo ninguna consecuencia la propuesta, pero, años más tarde, el político labortano Garat le presentó la misma idea a Napoleón. La constitución aprobada por Napoleón en Bayona no concretaba qué lugar ocuparían los fueros en la nueva estructura española; de la misma forma, tras ser alabados en los debates previos, no existía ninguna referencia a los Fueros en la Constitución aprobada por los liberales en Cádiz. En ninguno de los dos casos se citaba a los fueros como parte de la nueva estructura política. En 1814, con la reinstauración del absolutismo, se volvió a poner en vigor la legislación antigua, pero fue por poco tiempo.
Tras un periodo corto de calma, la muerte de Fernando VII supuso un nuevo ataque: la Primera Carlistada. Aunque las verdaderas razones que llevaron a la guerra fueran el problema monárquico y la lucha entre el catolicismo y el liberalismo, este último factor y la reivindicación de la restauración de los fueros convirtieron en lucha entre españoles y vascos, lo que en sí era una guerra civil, ya que muchos de los vascos lucharon a favor de los liberales. En esa época se escucharon consignas nuevas a favor de la nación vasca, procedentes del suletino Agustin Xaho, pero no tuvieron gran eco. Con la derrota de los carlistas se complicó aún más la situación: las diputaciones forales de Álava, Vizcaya y Guipúzcoa rechazaron las negociaciones a favor del futuro de los fueros; la diputación navarra, por su parte, inició nuevas negociaciones el año 1841, y trató de marcar su propio camino en la reestructuración del sistema foral. En general, las cuatro provincias siguieron teniendo ciertas competencias: la recaudación tributaria como competencia de las Juntas Generales, el Derecho Civil propio, la exención del servicio militar en el caso de los vascos más orientales, pero las aduanas se trasladaron hasta la costa. La sensación de fracaso acentuó el sentimiento vasco, pero siempre dentro de la unidad de España. Las cuatro diputaciones, junto a pensadores y escritores, fueron las encargadas de mantener y reavivar ese sentimiento. Durante la crisis política posterior a la Segunda Guerra Carlista (a partir de 1876) se fortalecieron los argumentos esgrimidos en defensa de los fueros y las instituciones forales en las provincias vascongadas. La reivindicación de la restauración foral llegó a formar parte de muchos discursos políticos, con la excepción de los socialistas. Durante la misma época, destacaron las protestas contra la pérdida de la lengua vasca, protagonizadas entre otros por el poeta Arrese-Beitia y el historiador Arturo Campión. Entre los argumentos utilizados subyacía la idea de la independencia originaria de los vascos. Esos discursos, junto a la defensa de las instituciones vascas, formaron la base de los razonamientos prenacionalistas.
Las transformaciones que se estaban viviendo, el sentimiento de agonía que se padecía, la rapidez con que se estaba llevando a cabo la industrialización y la repentina inmigración de mano de obra (sobre todo en la sociedad vizcaína) provocaron una crisis cultural y social, que fue caldo de cultivo para la primera formulación nacionalista por parte de Sabino Arana. No constituyeron ninguna innovación la mayoría de ideas del discurso de Arana, que ya habían sido formuladas por escritores y pensadores anteriores, pero él fue el primero en trasladar al discurso político las diferencias culturales y sociales entre España y el País Vasco. Los vascos formaban una nación, y por lo tanto no eran españoles. Para subrayar esa ruptura e intensificar la diferenciación, Sabino Arana inventó nuevas denominaciones y llamó Euzkadi al País Vasco (Euskal Herria) y euzkotarrak a sus habitantes, para evitar el término utilizado hasta entonces euskaldunak, ya que denomina a los hablantes de la lengua vasca. Había una única manera de ser euzkotarra: ser de raza vasca, siendo vascoparlante o no. De ahí se derivó la aversión hacia los inmigrantes procedentes de España por parte de los primeros nacionalistas vascos. Asimismo creó el término aberri para denominar la patria. En esta frase quedaba recogida la aportación fundamental de Sabino Arana: "Euzkotarren aberria Euzkadi da" (Euzkadi es la patria de los vascos). Esa afirmación ofrecía una alternativa nueva a aquellos vascos que no congeniasen con los carlistas y los integristas. "Jaungoikoa eta Lagi zarrak" (Dios y las antiguas leyes) fue el lema elegido por Sabino Arana para expresar su ideario político. Con el término Jaungoikoa (Dios) quería expresar su lealtad incuestionable hacia los fundamentos de la religión católica y el desprecio que sentía hacia el liberalismo. La segunda parte del lema, Lagi zarrak (las leyes antiguas), pretendía subrayar el carácter diferente de las leyes e instituciones vascas; y no se citaba la palabra fuero, ya que históricamente tenía connotaciones de pacto o tratado con España. Según pensaba Sabino Arana, los territorios vascos habían sido independientes -cada uno por su lado- hasta 1839, y recuperar ese situación era la principal labor de los nacionalistas. Pero, al mismo tiempo, era imprescindible recuperar las costumbres y el sentir vasco, y eso exigía rechazar o depurar las innovaciones y reformas de la sociedad moderna y española. Teniendo en cuenta ese punto de vista, el nacionalismo además de ser un movimiento político adquiría el carácter de movimiento social. La nación de los primeros nacionalistas vascos se fundamentaba en la raza, la lengua, la historia, las leyes y las tradiciones.
La trayectoria política de Sabino Arana comenzó en 1893. Durante los primeros años, destacó por la dureza de su discurso, que rechazaba al mismo tiempo a los españoles y maquetos (emigrantes procedentes de España) y la industrialización. En 1894 fundó el Euzkeldun Batzokija, lugar de reunión de los nacionalistas vascos, y un año más tarde el Partido Nacionalista Vasco. La represión del momento y el escaso eco que obtuvo hicieron que tuviera que modular su discurso y su práctica política, llegando a admitir la autonomía como objetivo, y se coaligó con los nacionalistas moderados, es decir con aquellos que se reunían alrededor de la revista Euskalduna y eran seguidores de Ramón de la Sota. La pérdida de las últimas colonias españolas fortalecieron el españolismo y Sabino Arana -enfermo y preso- renunció a los objetivos independentistas de su partido, y anunció que aceptaría la unidad de España. Pero murió poco tiempo después, en 1903, y no se produjo la evolución anunciada. A pesar de la temprana muerte (a la edad de 38 años), sus ideas y el partido creado por él gozaron de un fructífero futuro.
Aún así, los primeros años del siglo veinte estuvieron llenos de debates con el objetivo de fijar la estructura del PNV y concretar los objetivos del partido. Finalmente, en 1906, la Asamblea Nacional del PNV decidió que el objetivo del partido era la recuperación de los fueros, aunque dicha recuperación fuera entendida de diversas maneras; unos como independencia y otros, en cambio, como regimen autonómico dentro del estado español. A partir de ese momento se fue extendiendo el campo de actuación del PNV, primeramente en Vizcaya, posterirmente a Guipúzcoa, y por último a Álava y Navarra, aunque su influencia fuera bastante menor en esos dos territorios.
El año 1917, los nacionalistas consiguieron la mayoría en la Diputación de Vizcaya, y emprendieron una intensa campaña a favor de la autonomía. Como respuesta a esa mayoría, se aliaron los socialistas y los grupos de la derecha, y dos años más tarde, en 1919, los nacionalistas perdieron esa hegemonía. Ese fracaso agudizó las tensiones internas entre los miembros de la organización; el tema de la discordia fue la estrategia a seguir por el partido, cuál era el camino a seguir para conseguir la restauración del sistema foral, o qué supondría la recuperación de los fueros, la creción de un nuevo estado o seguir como territorio autonómico dentro de España. Esas tensiones y otras disputas internas desembocaron en la ruptura del PNV el año 1921. Junto a la Comunión Nacionalista Vasca, nuevo nombre del PNV desde 1916, resurgió el Partido Nacionalista Vasco, más conocido como Aberri. El PNV tenía la mayoría en Bilbao y Baracaldo, pero en el resto de del territorio vasco, los comunistas eran mayoritarios. Hubo varias tentativas para reunificar el partido, pero con la llegada de la dictadura de Primo de Rivera, no prosperó ninguna. Además, el militar ilegalizó el PNV por considerarlo grupo separatista. El año 1930, una vez acabada la dictadura, volvieron a unirse los dos partidos sucesores del PNV.
El PNV reunificado fue el partido más fuerte de la época republicana, tanto en los comicios electorales, especialmente en 1933 y 1936, como en su capacidad organizativa y de movilización. Actuando de forma semejante a los grandes partidos de aquella época: los nacionalistas formaron una comunidad desde el partido, y trataron de llegar a todos los ámbitos de la vida social. Los batzokis (las sedes del PNV), la prensa y las organizaciones deportivas, culturales y juveniles completaron el entorno del partido, y todo ese movimiento social facilitó el acercamiento de muchos sectores al grupo nacionalista. Los debates en torno a la autonomía dejaron en evidencia la centralidad del partido, pero también quedó patente su debilidad, al no ser capaz de conseguir el estatuto por sí solo. Impulsados por esa impotencia, se acercaron hacia las fuerzas de la derecha, primero, y hacia las de la izquierda, más tarde. Durante los años de la República quedó más visible la pluralidad dentro del nacionalismo vasco. Por un lado, Elías Gallastegi y el grupo Jagi-Jagi defendían que el nacionalismo debía solicitar la independencia, y tras muchas tensiones, hacia el año 1934 rompieron la relación con el PNV. Por otro lado, el año 1930 surgió un nuevo partido nacionalista:Acción Nacionalista Vasca. ANV tenía tres características principales. La más destacable en aquella época fue el rechazo de la religión como una de las líneas del nacionalismo, ya que a pesar de que los militantes, de forma individual, fueran católicos, afirmaban que no era necesario profesar el catolicismo para ser nacionalista vasco. La segunda característica fue unir liberalismo y nacionalismo, dos corrientes que hasta ese momento habian sido opuestas y enemigas. Y, por último, a ANV le distinguía su disposición a lograr acuerdos con otros partidos de izquierda españoles, siempre que fuera en beneficio de la identidad del País Vasco; esa línea definía al partido como autonomista y partidario del estatuto. Pero después de los años de la República, en junio de 1936, modificaron el programa: se declararon mucho más izquierdistas (no marxistas) y mucho más independentistas, aunque siguieran manteniendo su postura a favor del estatuto. El inicio de la guerra no dio tiempo para conocer si la nueva orientación gozaría de mayor éxito o no.
Cuando estalló la Guerra Civil, muchos nacionalistas vascos consideraron que era una oportunidad para realizar sus objetivos, pero la victoria franquista deshizo todas sus esperanzas. El lehendakari Agirre permaneció al frente del Gobierno Vasco hasta su muerte en 1960, y obtuvo gran renombre entre muchos vascos. El PNV demostró que tenía mayor capacidad que otros partidos e instituciones para mantener su estructura básica, pero aunque aquellos miembros que fueron al exilio adoptaron los modelos de la democracia cristiana europea, no modificaron en exceso su visión de la nación vasca. Los años siguientes a la Segunda Guerra Mundial vivieron momentos de optimismo, pero los límites de la estrategia nacionalista quedaron en evidencia con la ayuda proporcionada por Estados Unidos a Franco y los cambios políticos, económicos, sociales y culturales que se estaban dando en la sociedad vasca. El nacionalismo vasco sufrió su mayor ruptura interna en la época franquista: en la década de los 50 se incorporó una nueva generación de militantes al mundo político vasco; en 1959 nació ETA y en su entorno se formó la izquierda nacionalista. ETA propuso un modelo diferente de nacionalismo: la nación vasca se fundamentaba en dos conceptos, en la etnia y, especialmente, en la lengua. Muy pronto, tras grandes debates internos, como consecuencia de la influencia del marxismo, el colectivo obrero pasó a ser para ETA la vanguardia de la lucha para conseguir la libertad del País Vasco. A partir de 1966, ETA se presentó a sí misma como movimiento revolucionario socialista a favor de la liberación nacional. Siguiendo el modelo de los procesos de liberación de los países del tercer mundo, y como, además el franquismo impedía cualquier otro medio de lucha, ETA optó por la lucha armada, a pesar de intentar en aquella época unirse a los movimientos de masa. De la misma manera que aconteció en el PNV, aunque las causas fueran diferentes, también dentro de ETA o a partir de ETA, surgieron varias escisiones, cada una con sus peculiaridades. Los grupos más importantes fueron ETA militar y ETA político-militar. Hubo varias circunstancias que influyeron en las disidencias de la izquierda nacionalista vasca: la falta de comunicación característica de la clandestinidad, las experiencias laborales y diarias en época de represión y los cambios que estaban desarrollándose en la extrema izquierda de la Europa Occidental.
Después de la muerte de Franco, el nacionalismo vasco ganó fuerza en las cuatro provincias meridionales del País Vasco -más moderadamente en Navarra-, pero durante los últimos años del franquismo ya habían quedado fijadas las líneas principales. Aquellos movimientos (ESEI, ESB) que intentaron evitar la polarización entre el modelo tradicional del nacionalismo, en torno al PNV, y el revolucionario, alrededor de ETA (M) y HB, acabaron fracasando; y los que trataron de modificar los dos modelos quedaron en un segundo nivel (EE, hasta unirse al Partido Socialista, y EA). En cuanto se refiere al PNV, después de los años de dictadura franquista, su primera Asamblea Nacional se reunió en Pamplona en 1977, y allá se actualizó explícitamente el pensamiento del partido. El PNV se presentó como partido nacionalista, democrático y aconfesional, y se rechazó la diferenciación entre vascos y emigrantes, que tanto peso había tenido en los primeros años del nacionalismo. A partir de 1979, las instituciones principales de la CAV estuvieron, durante la mayor parte de tiempo, en manos del PNV, y los nacionalistas trataron de dirigir la transformación política y económica del país desde los centros de poder. Pero el contexto en que debían actuar y la servidumbre que siempre supone la lucha por el poder acabaron transformando al partido, hasta provocar una nueva división. En 1985, Carlos Garaikoetxea dejó la presidencia del Gobierno Vasco, y al año siguiente, se creó el partido Eusko Alkartasuna. El nuevo grupo presentó un nacionalismo más radical, el deseo de trabajar con nexos más estrechos entre las provincias vascas y propuestas más cercanas a la socialdemocracia. El PNV renovó la estructura interna del partido, y dirigió su actuación a la gestión de las instituciones vascas, en colaboración con el PSOE en aquel momento. Después de los primeros años de disputa, los nacionalistas lograron recuperar la fuerza pérdida, y se redujo la representación de EA.
La trayectoria de Herri Batasuna estuvo marcada desde sus inicios en 1978 por el debate en torno a la lucha armada y la necesidad de adaptarse a la nueva situación política; pero la polémica se acentuó a partir de finales de la década de los 80, es decir, desde que quedó en evidencia la improductividad e injusticia de la lucha armada. Tras el fracaso de las negociaciones de Argel, los políticos del PP y PSOE fueron los objetivos de la violencia de ETA, y ello trajo consigo el recrudecimiento de la respuesta del Gobierno español. Después del asesinato de Miguel Ángel Blanco (1996), fue detenida la Mesa Nacional de Herri Batasuna en febrero de 1997, acusándole de colaboración con ETA. La coalición, con una nueva directiva, se sumergió en un proceso de transformación, siguiendo la línea de la Alternatiba Demokratikoa presentada por ETA, mientras sufrían al mismo tiempo el acoso de las instituciones españolas. En esa época firmaron el acuerdo de Lizarra-Garazi la izquierda nacionalista, el PNV y otras organizaciones y grupos del País Vasco. Fruto de ese acuerdo se formó la coalición Euskal Herritarrok en 1998, que reunía a HB, Batzarre y Zutik. La coalición obtuvo gran apoyo entre la ciudadanía vasca, gracias a la unión de fuerzas que suponía y la tregua de ETA del momento.
El pacto de gobierno entre el PNV y PSOE llegó a su fin pocos meses antes de firmar el acuerdo de Lizarra-Garazi, y en 1999 llegó a la presidencia del Gobierno Vasco el nacionalista Juan Jose Ibarretxe. El nuevo presidente formó un gobierno de coalición con Eusko Alkartasuna, con el apoyo externo de Euskal Herritarrok; pero el año 2000 ETA rompió la tregua, y el Gobierno Vasco, a su vez, interrumpió sus relaciones con EH. Las elecciones al Parlamento Vasco del año 2001 se desarrollaron en un ambiente de mucha crispación: el PP y el PSOE acusaron a los nacionalistas vascos de apoyar la violencia, y trataron de arrebatarle el Gobierno al PNV; pero no obtuvieron el resultado deseado, y la coalición PNV-EA se hizo de nuevo con el gobierno. Ibarretxe formó el nuevo gabinete con la colaboración de Izquierda Unida, y el año 2003 presentó el proyecto que llevaba su nombre: el Plan Ibarretxe. Entre otras peticiones, propuso un nuevo estatuto de autonomía y que se le reconociera al País Vasco su derecho a la autodeterminación. El plan obtuvo la mayoría en el Parlamento Vasco con un resultado muy ajustado, pero fue rechazado en el Congreso de los Diputados de Madrid, sin ni siquiera debatirlo. Se celebraron nuevas elecciones en abril del 2005, y la coalición EAJ-EA volvió a ganar pero sin mayoría absoluta. El año 2008 Ibarretxe trató de nuevo de que el futuro la Comunidad Autónoma Vasca tuviera capacidad para decidir su futuro, en este caso a través de un referéndum. Pero, el Tribunal Constitucional impidió la consulta, e Ibarretxe no siguó adelante con su proyecto. El año 2004 Josu Jon Imaz fue nombrado presidente del Euzkadi Buru Batzar, órgano directivo del PNV. Por lo visto, surgieron tensiones entre la directiva del partido y el presidente del Gobierno Vasco, por haber liderado este último, él mismo, una estrategia política que sobrepasaba al partido. En aras de evitar un enfrentamiento, Imaz dejó la dirección del PNV, e Iñigo Urkullu pasó a ocupar su lugar. En los siguientes comicios electorales, volvió a ganar Ibarretxe, pero la ilegalización de la izquierda nacionalista facilitó el acceso a Ajuria Enea del PSOE con la ayuda del PP. El PNV, bajo la dirección de Iñigo Urkullu, hizo una fuerte oposición contra el Gobierno de Patxi López, pero al mismo tiempo, fue capaz de negociar con Rodríguez Zapatero desde Madrid, y seguir siendo referencia dentro de la política vasca.
El final de la tregua de ETA debilitó a la izquierda nacionalista. El año 2001, HB se convirtió en partido: Batasuna. El mismo año surgió Aralar de una escisión interna, agrupando a aquellos militantes de la izquierda nacionalista que rechazaban la violencia de ETA y proponían la participación activa en las instituciones vascas. Este nuevo partido tuvo su mayor área de influencia en Navarra; y en ese territorio formó el año 2003 la coalición Nafarroa Bai junto con el PNV, EA, Batzarre y algunos independientes. Batasuna se presentó como partido para todo el País Vasco, tanto septentrional como meridional. Ese mismo año, el 2003, quedó ilegalizado. A partir de ese momento tuvieron lugar varios procesos al mismo tiempo. Por un lado, los miembros de Batasuna trataron de abrir nuevas vías para enfrentarse a la ilegalización: el año 2003 trataron de presentarse bajo la denominación Autodeterminaziorako Bilgunea, pero sus listas no fueron admitidas; el año 2005 pudieron presentarse para el Parlamento Vasco bajo las siglas del Partido Comunista de las Tierras Vascas y en 2007 a las elecciones municipales bajo el paraguas de ANV. En este último caso, los tribunales españoles no admitieron muchas de las listas presentadas, pero sí otras. En esos mismos años la policía deshizo varias organizaciones del seno de la izquierda nacionalista (Gestoras proamnistía, la organización juvenil Jarrai, KAS, Ekin, etc.) y cerró los periódicos Egin y Euskaldunon Egunkaria. El año 2009 no se les aceptó ninguna de las listas presentadas, y quedaron fuera del Parlamento Vasco.
El debate sobre la efectividad de la lucha armada condujo a otra tregua de ETA en el 2006, después de los contactos habidos entre dirigentes del PSE y miembros de Batasuna. Se reunieron en Loiola miembros de ambos partidos junto con representantes del PNV, pero fracasaron las conversaciones, porque ETA no aceptó lo acordado y mató a dos personas en Barajas al estallar una bomba. Ese hecho aisló aún más a la izquierda nacionalista, y algunos sectores de la misma tomaron conciencia de la necesidad de abandonar la violencia, ya que las medidas represivas contra ETA se extendían a toda la izquierda nacionalista, y se sentían incapaces de hacer frente a la nueva realidad. Además, su aislamiento invalidó toda capacidad de influir y actuar en la política vasca. Como consecuencia, los dirigentes de Batasuna, en un ambiente clandestino, con salidas y entradas a la cárcel, trabajaron en dos sentidos. Por un lado, trataron de que la dirección de ETA se inclinara hacia las vías pacíficas; y, por otro lado, trataron de fortalecer sus relaciones con otros partidos nacionalistas. Fruto de esas conversaciones, miembros de Batasuna y Eusko Alkartasuna presentaron el 3 de septiembre de 2010 el acuerdo denominado "Lortu arte" (Hasta conseguir), y dos días más tarde, ETA declaró otra tregua. Al año siguiente, en 2011, se formó una nueva coalición con militantes procedentes de tres sectores: de EA, de Alternatiba (rama escindida de Izquierda Unida) y de Batasuna. El Gobierno español trató de impedir la participación del grupo recién creado en el juego electoral, pero con la sentencia favorable del Tribunal Constitucional, pudieron participar en las elecciones municipales y en las elecciones generales españolas. Bildu fue la denominación que eligieron en el primer caso, y Amaiur en el segundo. En el periodo que hubo entre esos dos comicios, el 17 de octubre de 2011, se reunieron en el palacio Aiete de San Sebastián varios ex dirigentes políticos internacionales, y acordaron una declaración conjunta para la paz. Tres días despues ETA anunció el cese definitivo de la lucha armada.
Las elecciones de 2011 mostraron la fuerza del nacionalismo en el País Vasco meridional, pero, al mismo tiempo, quedó evidente la dispersión de fuerzas. Amaiur consiguió 333.628 votos, el PNV 323.517 y la coalición Geroa Bai, que se presentó en Navarra con el apoyo de los nacionalistas del PNV e independientes, consiguió 42.411 votos. Al año siguiente en la convocatoria para elegir el Parlamento de la Comunidad Autónoma Vasca, fue aún mayor el protagonismo de los nacionalistas vascos: el PNV consiguió 25 escaños y 21 la coalición EH-Bildu; 16 el Partido Socialista, 11 el PP y 1 el UPD. Iñigo Urkullu fue elegido lehendakari por el Parlamento Vasco, en diciembre de 2012.