Desde fines de los años 90 la izquierda abertzale se orientó hacia la resolución del conflicto, lo que requería superar el protagonismo que la Alternativa Democrática seguía confiriendo a ETA. Ha de verse en ello la influencia de diversos factores, unos externos -el desarrollo del proceso de paz en Irlanda del Norte desde el Acuerdo de Stormont, la irrupción en Occidente a partir de 2001 de los atentados del fundamentalismo islamista, de una potencia letal muy superior a los de ETA-; otros internos, consistentes en la penetración en el seno del nacionalismo radical de elementos identitarios e ideológicos nuevos.
Pero la reanudación del conflicto violento ETA-Estado impidió apreciar el cambio. Todo lo contrario: tras la ruptura del alto el fuego indefinido en noviembre de 1999, el retorno de los atentados de ETA que produjeron hasta mayo de 2003 unas 50 víctimas mortales, muchos dirigidos contra los miembros de las fuerzas estatalistas, sus sedes y sus bienes, provocó que el PP y el PSOE consensuaran el "Acuerdo por las Libertades y contra el Terrorismo" del 9 de diciembre de 2000. El Acuerdo, dijeron sus firmantes, era un "texto de combate", no solo contra el terrorismo, sino contra las fuerzas nacionalistas vascas firmantes del Pacto de Lizarra.
Sus resultados fueron, entre otros, la tramitación desde febrero de 2002 de la Ley de Partidos. En base a ella, el Tribunal Supremo declaró en marzo de 2003 ilegal a Batasuna. Paralelamente, y en torno al macro-sumario central 18/98, la Audiencia Nacional incoó una serie de sumarios basados en la premisa de que "todo era ETA" contra los miembros de una serie de organizaciones y proyectos abertzales o simplemente vasquistas: AEK, Ekin, Fundación Joxemi Zumalabe, Gestoras pro Amnistía, Batasuna, Egunkaria, Udalbiltza...
Aralar se separó de la izquierda abertzale en junio de 2001 pero desde este año venían reuniéndose en el caserío Txilarre de Elgoibar Arnaldo Otegi y el socialista Egiguren en busca de nuevas vías. En noviembre de 2004 Batasuna presentó el documento previamente consensuado de Anoeta, el cual enumeraba los siguientes compromisos: respetar las distintas sensibilidades del pueblo vasco, dirimir las diferencias de modo pacífico y democrático, y basar el acuerdo en la Declaración Universal de los Derechos Humanos y en los Derechos Civiles y Políticos proclamados por la ONU.
Se proponían en él "dos espacios para el diálogo y el acuerdo":
- 1.-Un acuerdo entre los agentes políticos, sociales y sindicales sobre la creación de un nuevo escenario en el que se pudiera decidir cualquier status político, el cual debería ser refrendado por la ciudadanía de Euskal Herria (País Vasco en sus tres territorios: Comunidad Autónoma vasca, Navarra, Iparralde).
- 2.-Un acuerdo entre ETA y los Estados español y francés sobre:
- la desmilitarización del conflicto
- los presos, deportados y refugiados
- las víctimas
ETA respaldó la declaración de Anoeta en enero de 2005 y declaró un alto el fuego permanente en marzo de 2006, el cual fue saludado por el Consejo Europeo y la Comisión Europea. El rechazo sin paliativos en febrero de 2005 por las Cortes españolas del Proyecto de Nuevo Estatuto presentado por el Lehendakari Ibarretxe en 2003 y aprobado por mayoría absoluta por el Parlamento Vasco en diciembre de 2004, así como la no convocatoria del referéndum anunciado, dejó la puerta abierta a la solución de Anoeta.