Al igual que el conjunto del País Vasco, Bilbao se caracterizó por ser muy conflictivo, en especial desde abril de 1931 hasta octubre de 1934, debido a la confluencia de causas socioeconómicas, religiosas y políticas.
La conflictividad social estuvo motivada por la depresión económica de los años treinta, que afectó intensamente a los principales sectores de la industria vizcaína: la siderometalurgia, la minería y la construcción naval. El descenso de la producción provocó un gran aumento del paro obrero, que en 1933, el año más grave de la crisis, ascendió a 25.000 parados en Bizkaia; 7.000 de ellos se hallaban inscritos en la Bolsa de Trabajo del Ayuntamiento de Bilbao. Un caso significativo fue el de los astilleros Euskalduna, propiedad del naviero nacionalista Ramón de la Sota y feudo de Solidaridad de Trabajadores Vascos (STV), que redujeron a la mitad su plantilla, pasando de 3.500 obreros y empleados en 1930 a 1.700 en 1934.
Como consecuencia de tan mala coyuntura económica fueron frecuentes los conflictos laborales, sobre todo en 1931, sobresaliendo las huelgas de Altos Hornos de Vizcaya a finales de dicho año y de Babcock Wilcox a comienzos de 1932. Estos conflictos fueron promovidos principalmente por los sindicatos comunistas y anarquistas, minoritarios pero muy radicalizados. En cambio, la moderación y la negociación, procurando evitar huelgas, caracterizaron la actuación de las centrales sindicales mayoritarias en Bizkaia: la socialista UGT (con 30.000 afiliados) y la nacionalista STV (con 18.000), en auge. Sin embargo, la rivalidad entre ambas y el hecho de estar la UGT en el Gobierno, con su dirigente Largo Caballero de ministro de Trabajo, dieron lugar a acuerdos entre comunistas, anarquistas y solidarios vascos, quienes se enfrentaron a la hegemonía ugetista en dicha provincia durante el primer bienio republicano. Desde 1934, coincidiendo con la mejoría de la situación económica, la conflictividad laboral disminuyó y los sindicatos tendieron a colaborar y a aproximarse entre ellos, como prueba la proliferación de las Alianzas Obreras en Bizkaia en 1935.
La conflictividad por motivos religiosos fue muy importante en el País Vasco. La cuestión religiosa fue una de las claves de la II República, una línea de ruptura de su sistema de partidos y la causa principal de la escasa integración de Euskadi en el régimen republicano al restarle legitimidad y al ser un factor de inestabilidad. Sus manifestaciones más graves se dieron en el bienio azañista, como reacción a la política anticlerical del Gobierno y de las Cortes Constituyentes, al afectar mucho a los católicos vascos la quema de conventos, la expulsión del obispo de Vitoria Mateo Múgica y la detención de su vicario Justo Echeguren en 1931, el polémico artículo 26 de la Constitución republicana, la disolución de la Compañía de Jesús en 1932, la ley de congregaciones religiosas de 1933, etc. La virulenta protesta de la prensa católica y nacionalista vasca dio lugar a su suspensión por el Gobierno de Alcalá-Zamora en el verano de 1931, dejando de salir uno o dos meses los diarios Euzkadi, La Tarde y La Gaceta del Norte.
El PNV y las derechas rechazaron la propuesta de Prieto y el Ayuntamiento de Bilbao para crear la Universidad pública vasca en la sede de la Universidad de Deusto, incautada a los jesuitas en 1932. Al año siguiente, el divorcio entre la mayoría municipal de izquierdas y los católicos bilbaínos estalló al aprobar la demolición del monumento al Sagrado Corazón de Jesús los concejales republicanos y socialistas, con la oposición frontal de los nacionalistas y monárquicos, provocando manifestaciones de católicos y disturbios de orden público ante el enorme monumento en la Gran Vía, erigido durante la Dictadura de Primo de Rivera.
El tema religioso era el que más acercaba al PNV a las derechas y el que más le alejaba de las izquierdas. Pero desde el segundo semestre de 1933, al término del bienio azañista, dejó de ser conflictivo y los católicos vascos, nacionalistas y españolistas, pasaron a enfrentarse en las elecciones, desapareciendo así su unidad de los comienzos de la República. Al final de ésta, el factor religioso perdió gran parte de su incidencia política en Euskadi, lo cual contribuyó a la mejora de las relaciones entre el nacionalismo y las izquierdas, que mitigaron su anticlericalismo.
La conflictividad política fue la más acusada por la gran rivalidad existente entre el PNV y el PSOE desde su fundación en Bilbao a finales del siglo XIX. Ningún partido era hegemónico pues había equilibrio de fuerzas entre las derechas y las izquierdas. La lucha política adquirió con frecuencia un carácter violento, con muertos y heridos en la capital vizcaína y los pueblos de su entorno, debido a que los partidos disponían de grupos juveniles de choque: los requetés carlistas, los mendigoxales nacionalistas, las milicias socialistas y comunistas. La confrontación ideológica y la violencia política fueron muy intensas entre el PNV y el Bloque republicano-socialista durante el primer bienio, culminando con los graves sucesos de mayo de 1933 acaecidos en Bilbao, con ocasión de la visita del presidente Alcalá-Zamora y la huelga general declarada por STV, así como en Barakaldo, Sestao y Galdakao, sucesos que fueron debatidos en las Cortes.
La cuestión autonómica, la columna vertebral de la política vasca en la República, tenía mucho que ver con esta exacerbación de la contienda política. En 1931, la defensa o el ataque al Estatuto de Estella dividió en dos bloques antagónicos a derechas (PNV incluido) e izquierdas. El Ayuntamiento de Bilbao lo rechazó y no acudió a la Asamblea de Estella, donde lo aprobaron tres cuartas partes de los municipios vasco-navarros.
En 1932-1933, los nacionalistas y los republicano-socialistas apoyaron el Estatuto de las Comisiones Gestoras provinciales, pero su falta de entendimiento hizo que el proceso autonómico marchase lentamente. Esto contribuyó a la radicalización independentista de un sector del PNV, sobre todo sus juventudes en Bilbao y el semanario Jagi-Jagi, muy perseguido por el gobernador civil de Bizkaia. Al mismo tiempo, las izquierdas perdían interés por la autonomía, porque la mayoría del País Vasco no era republicana y porque sería rentabilizada por el PNV; de ahí que propugnasen republicanizar Euskadi antes de aprobar el Estatuto. En cambio, ANV y algunos republicanos vasquistas opinaban lo contrario: el retraso autonómico era una de las causas de la violencia política desatada.
La violencia disminuyó desde el verano de 1933 y el Estatuto fue plebiscitado con éxito el 5 de noviembre, a pesar de que en el último momento las izquierdas bilbaínas, a través de El Liberal y La Lucha de Clases, se desmarcaron de él y propugnaron la abstención en el referéndum por celebrarse dos semanas antes de las elecciones legislativas y por falta de garantías democráticas al no permitir el Gobierno de Martínez Barrio la presencia de interventores de los partidos. Aun así, el Estatuto alcanzó una votación abrumadora en Bilbao (el 94% de su electorado votó afirmativamente), incluso en los distritos obreros, feudos del socialismo, de Estación (91%) y Bilbao la Vieja (89%), votación superior a la de Bizkaia (88%) y a la de Euskadi (84%), lo cual corrobora la existencia de numerosos fraudes en el plebiscito autonómico vasco.
| Distritos | Electores | Votos SÍ | % | Votos NO y abstenciones | % |
|---|---|---|---|---|---|
| Atxuri | 8.356 | 7.922 | 94,8 | 434 | 5,2 |
| Santiago | 8.682 | 8.340 | 96,1 | 342 | 3,9 |
| Bilbao la Vieja | 8.156 | 7.242 | 88,8 | 914 | 11,2 |
| Estación | 7.426 | 6.756 | 91 | 670 | 9 |
| San Vicente | 8.949 | 8.445 | 94,4 | 504 | 5,6 |
| Diputación | 10.654 | 10.072 | 94,5 | 582 | 5,5 |
| La Casilla | 8.975 | 8.512 | 94,8 | 463 | 5,2 |
| Hospital | 12.203 | 11.594 | 95 | 609 | 5 |
| Deusto | 10.114 | 9.582 | 94,7 | 532 | 5,3 |
| Begoña | 9.516 | 8.912 | 93,7 | 595 | 6,3 |
| BILBAO | 93.031 | 87.386 | 93,9 | 5.645 | 6,1 |
En el bienio radical-cedista o contrarreformador, la confrontación política cambió en Bilbao. En 1934 la conflictividad entre el PNV y el PSOE tendió a desaparecer, mientras aumentaba el enfrentamiento entre las derechas y las izquierdas (éstas llevaron a cabo dos huelgas generales de carácter político a principios de dicho año en Bilbao), así como entre el PNV y las derechas al bloquear éstas el Estatuto en las Cortes.
En el tenso verano de 1934, nacionalistas y republicano-socialistas se aproximaron entre sí y se enfrentaron al Gobierno de Samper (Partido Radical), apoyado por la CEDA, en defensa del Concierto económico, que consideraban amenazado por el denominado estatuto del vino (la desgravación fiscal de su consumo perjudicaba a las haciendas vascas). El Ayuntamiento de Bilbao encabezó la rebelión de los municipios vascos, por lo que el gobernador civil de Bizkaia destituyó a su alcalde, el republicano Ernesto Ercoreca, y a cinco tenientes de alcalde. El resto de la corporación dimitió, siendo sustituida por una comisión gestora derechista. La mayoría de los concejales socialistas, republicanos y nacionalistas fueron detenidos, encarcelados y juzgados, siendo inhabilitados seis. Tras el triunfo electoral del Frente Popular, en 1936 todos ellos fueron amnistiados y repuestos en sus cargos en el Ayuntamiento.
La culminación de la gran conflictividad política en la República fue la revolución de octubre de 1934, organizada en Bilbao por varios concejales socialistas. A pesar de disponer de hombres y armamento en abundancia, y a diferencia de otras localidades vascas (Eibar, Arrasate-Mondragón, los pueblos de la margen izquierda de la Ría), en Bilbao no hubo revolución propiamente dicha ni insurrección. Pero la huelga general, que duró la semana del 5 al 12 (en la que no se publicó la prensa), fue sangrienta en la capital vizcaína, pues los tiroteos entre los piquetes y las fuerzas de orden público causaron 16 de los 40 muertos que hubo en el País Vasco. El fracaso de la revolución de octubre en Bilbao se debió a la pasividad de la dirección socialista, que fue detenida enseguida, y a la enérgica actuación del gobernador civil, que conocía de antemano los preparativos revolucionarios.
La represión gubernativa, que contó con la colaboración de las derechas, fue muy dura y hubo numerosos detenidos en la cárcel de Larrínaga y en un barco-prisión fondeado en la Ría. Se centró sobre todo en los partidos y sindicatos obreros (PSOE, PCE y UGT), pero alcanzó también a STV y al PNV, cuyos centros bilbaínos fueron clausurados y los miembros del BBB, encarcelados dos meses. La persecución al nacionalismo fue injustificada, pues el PNV no había participado en la revolución sino que se había mantenido neutral, y contribuyó a profundizar el abismo que ya le separaba de las derechas monárquicas y católicas, quienes le acusaron de haber sido cómplice de la revolución socialista.