Una sorda lucha por el poder desembocaría en la "zamacolada" de 1804. Zamácola consiguió defenestrar al Diputado general, Pedro de Abendaño, notable arratiarra vinculado a Urquijo, y que los nuevos Diputados fueran Valdespina e Ibáñez de la Rentería. Pero para conseguir sus objetivos tenía que hacer continuas concesiones a Godoy, entre las cuales el explosivo asunto de la reforma del sistema de milicias. En las tumultuosas Juntas del 23 de julio de 1804 presididas por su aliado el Corregidor Pereira pronunció un largo discurso (primero en castellano y luego en euskera) justificando, con éxito, sus gestiones sobre el Puerto de la Paz y sobre el nuevo sistema militar de defensa del territorio ("compañías así instruidas (que) estarán a las órdenes de la Diputación para todo lo que ocurra, tanto respecto de la persecución de malhechores en tiempos de paz como para la defensa del país en tiempo de guerra"), renovándosele el nombramiento de Comisionado en Cortes. También fue nombrado primer regidor por el bando oñacino. A los pocos días (16 de agosto) estalló la "zamacolada" en Begoña. En las Juntas del 22 de agosto de 1804 se acusó a Zamácola de apoderarse de dinero y papeles del Señorío. Huído a Dima y luego a Etxarri-Aranatz, fue localizado en casa de su socio Domingo de Ansorena y protegido por gentes del virrey de Navarra, marqués de Amarillas, Jerónimo Morejón, en Pamplona. Al serle confiscados 12 baúles en Dima se le halló un buen lote de libros instructivos (gramáticas del castellano, inglés y francés, aritmética), técnicos (mecánica, agricultura, pesca, medicina, veterinaria), clásicos latinos y castellanos, literatura de su época francesa y castellana, amén de títulos relacionados con la erudición vascológica y los propios de su oficio. Ninguna de las piezas de convicción de los acusadores. El Señorío fue ocupado militarmente en septiembre y así permaneció hasta la invasión francesa.