Finalizada la guerra, con la paz de julio de 1795 se abre un período inestable y polémico. Desempeñó, con gran popularidad, los cargos de representante en Juntas de la merindad de Durango en 1795, de regidor de Ubidea en 1798 y representante de ésta, Bakio, Dima y Arantzazu, representante de la merindad de Arratia y villa de Otxandio en 1799 y otras en los años siguientes como alcaldía de Arantzazu en 1802 y alcaldía de Fuero de la merindades de Arratia y Bedia de 1801 a 1804. Fue en las Juntas de 1798 cuando Zamácola rindió cuentas del dinero utilizado en la Guerra contra la Convención; él y los suyos sugirieron nuevos arbitrios que Bilbao consideró perjudiciales para la villa. También consideró oportuno el pago de una importante cantidad a la Corona. El conflicto con Bilbao se agudizó cuando las Juntas de Merindades de 1800 siguieron su parecer de votar nuevos arbitrios; el hecho de que se le comisionara para gestionar con Godoy un nuevo puerto en Abando le terminó de ganar el odio de los bilbainos. En especial cuando un RD del 31 de diciembre de 1801 autorizó dicho puerto, rival del de Bilbao. Los bilbainos juramentados en su contra consiguieron el 30 del mes siguiente la revocación del RD y que en marzo fuera detenido bajo la acusación de franquear unas cartas de M. L. de Urquijo, caído, a la sazón, en desgracia. En libertad, prosiguió sus gestiones contratando al abogado González Arnao.