Durante la invasión francesa y guerra contra la Convención fue capitán de las milicias de Arratia e inspector general de Tercios de Bizkaia y Alava. El 13 de diciembre de 1794 la Diputación le comisionó para reclutar soldados en el Señorío y para entrevistarse con el general de las tropas reales Rubí en Vitoria. Este le encomendó que se viera en la zona de Gipuzkoa aliada con los franceses con su amigo Barroeta Aldámar, lo cual le acarreó la acusación de traidor de boca del comisario regio Mariño. Zamácola tuvo que acogerse en Pamplona a la protección del virrey de Navarra hasta que se aclaró su situación. Los problemas derivados de la guerra -la desorganización del sistema de defensa principalmente, a cargo de milicias forales y ejército real muy poco eficaz- le concernieron de forma notable. Escritos posteriores a estos hechos (su hermano Juan Antonio, su amigo el síndico Manuel de Oleaga) apuntan a esta época como aquélla en la que la salud mental del escribano comenzó a experimentar altibajos notables.