Poco había de durar con vida el navarro en tamañas circunstancias; Lope de Aguirre ("tenedor de difuntos" de la expedición) prepara la revuelta.
"Partió -relata Vázquez- el Gobernador deste pueblo de Machifaro bien descuidado de la traición que le habían ordenado los tiranos, pasada la Pascua de Navidad, y fue aquel día a otro pueblo desta provincia de donde determinó enviar a un Sancho Pizarro. Estaba este pueblo sin gente, alzado por temor de nosotros en tierra adentro, y allí esperó al dicho Pizarro. Y en lo que allí nos detuvimos acabaron los conjurados de concertar su maldad y la afectuaron, porque la noche de Año Nuevo, día de la circuncisión del Señor y primero de año de 1561, a las dos o tres horas de la noche, se juntaron con el dicho Fernando de Guzmán hasta 12 destos traidores, dejando prevenidos otros amigos y secuaces que en oyendo su voz y apellido acudieron con sus armas y fueron al aposento del gobernador y, hallándolo solo, como solía estar, acostado en su cama, le dieron muchas estocadas y cuchilladas, y él se levantó y quiso huir y cayó muerto entre unas ollas en que se guisaban de comer".
Lope de Aguirre controla las armas y es el más fuerte, por lo que consigue hacerse con la jefatura de la expedición. Según constata Caro Baroja,
"si la ida a América supuso un final trágico para Pedro de Ursúa, puede decirse que para su linaje fue motivo de engrandecimiento y aumento de honras. Porque en el siglo XVII vemos que miembros de él, incluso con su mismo nombre, siguen mereciendo la confianza de los reyes de la casa de Austria, y que después, fundidos con otras familias, pasan a constituir parte de esa nobleza española, ya bastante desarraigada de la tierra natal y cubierta de marquesados, condados, etc., un tanto "desorientadores".