Debido a las dificultades con las nuevas autoridades que lo declaran fuera de la ley, entre 1555-1558 lo encontramos en Panamá desde donde envía dinero para desempeñar la casa y mayorazgo de Ursúa. Allí conoce el virrey de Perú, Hurtado de Mendoza, marqués de Cañete, que le encomienda la represión de una insurrección de cimarrones negros capitaneados por su rey, Bayamo, al que auxilian los piratas. Su campaña culmina con la celada traicionera que tiende a Bayamo al que capturó y envió a Lima.