Euskadi-Akitania Funtsa 1990ean sortu zen, bi eskualdeen arteko Lankidetzarako Protokolo Esparruari erantsitako Protokoloaren ondorioz. Euskadi-Akitaniako organo erabakitzaileek ez dute sareetan parte hartzen; haien egitekoa aurkeztutako eta hautatutako proiektuak finantzatzea da. Gaikako abisua da, urteroko eskaintzen bidez garatzen dena eta eragileen trukeak finantzatzea ziurtatzen duena, "behetik gora" haien ekimenen zerbitzura jartzen direlarik. Funtsaren bidez eragile heterogeneoak elkarlotzen dira. Eragile horien proiektuak hiru multzotan sailkatzen dira: I. multzoan ikerketa, prestakuntza eta ikasketa arloko eragileak elkarlotzen dira; II. multzoan eragile ekonomikoak elkarlotzen dira; III. multzoan, azkenik, kultura eta euskara arloko ekimenak elkarlotzen dira. Funtsa ez da soilik mugaz gaindiko lankidetzaren finantza-erreminta, helburu hori duen inbertso pribatua ere bultzatzen du; bere oinarrizko printzipioa proiektuetara aurrekontuen erdia bideratzea da, beste erdia finantzari pribatuen eskutik bete behar delarik. III. multzoko proiektu linguistiko eta kulturaletan hautematen da mugaren bi aldeetako euskaldunen arteko kidetasun harreman handiagoa; multzo horretan izan du Funtsak esku-hartze nabarmenagoa.
Funtsa, bere bi esku-hartze esparrutan, hau da, Euskadi-Akitania eta Euskadi barneko esparruetan, garatutako proiektu puntualetan eragileak batzea ahalbidetzen duen erreminta bilakatu da; bigarren esparruan hegoaldeko erabakitzaileen borondatea nabarmendu behar da, orokorrean, proiektu kulturalak iparraldean Akitaniako kutsua baino gehiago, izaera euskaldunagoa izatea eragiten duena.
Funtsaren esperientziaz gain, mugaz gaindiko lankidetzari dagokionez beste esperientzia batzuk ere azter ditzakegu, esate baterako, Baiona-Donostia Euskal Hiria; Bidasoa-Txingudi Partzuergoa; Akitania-Euskadi Plataforma Logistikoa; edo Euro-eskualdeko Konferentzia.