Interreg programa komunitarioaren helburua zonalde mugakideei laguntza ematea zen kohesio ekonomiko eta sozialaren testuinguruan merkatu bakar bat sortzeko lagungarri izango zena; horren bidez, Europako Batzordeak eskualde mugakideei kohesioa eman nahi zien eta periferia izaera hori gainditzen lagundu nahi zien. Programa horren bidez, batasuneko organoen xedea mugako bi aldeetako lankidetzarako sareak bultzatzea, sare horien artean eta beste sare zabalago batzuen artean loturak finkatzea eta batasunetik aparteko herrialdeekin lankidetza abiarazteko aukerak aztertzea zen.
Interreg I (1989-1993) izenekoa da Batzordeak onartutako 31 programetako bat. Espainiak eta Frantziak aurkeztu zuten eta Pirinioetako mugaz gaindiko probintziak (edo, dagokionean lurraldeak) barneratzen ditu: Espainiari dagokionez Gipuzkoa, Nafarroa, Huesca, Lleida eta Girona; Frantziari dagokionez, berriz, honako departamenduak: Pirinio Atlantikoak, Goi Pirinioak, Goi Garonne eta Ekialdeko Pirinioak. Interreg Pirineos programa berrietan barneratzen ziren oinarrizko lurralde-unitateak NUTS 3 delakoak (Probintziak, departamenduak, etab.) ziren oraindik.
Interreg Pirineos I programan hesi geografiko naturalak gainditzea lehenetsi zen; eskualde horien periferia izaera eta igaroleku izaera gainditzea proposatzen zen. Euskal Herrian, Interreg 1 ekimenaren (1991-1993) helburua jarduera ekonomikoaren dibertsifikazioaren alde egitea zen, aduanak desagertzearen ondorioz kaltetutako eremua izanik.
Lau neurri hartu ziren: ZAISA Garraioen Zentro Integrala sortzea; Txingudiko Badiako urak garbitzea; mugaz gaindiko plan estrategikoa taxutzea; eta Euskadi-Akitania aldebiko lankidetzarako proiektuak abiaraztea.
Interreg II 1994-1999 bitartean izan zen indarrean eta hiru kapitulutan banatu zen. Lehenengoak, Interreg A kapituluak, mugaz gaindiko izaera zuen. Euskal Herriari dagokion eremuan hiru azpiprograma barneratzen ziren:
- Mugaz gaindiko testuinguruan jarduera ekonomikoa garatzea
- Lankidetzarako egiturak abiaraztearen bidez lurraldearen identitatea sendotzea. Halaber, azpiprograma horretan hiru neurri barneratzen ziren: Euskadi-Akitania Lankidetzarako Funtsa; Eusko-Ikaskuntza; eta mugaz gaindiko lankidetza, Pirinioetako lan-komunitatearen testuinguruan.
- Pirinioetan barna iragazkortasuna hobetzeko, ezinbestekoa zen informazioaren eta pertsonen zirkulazioari heltzea, eta mugaz gaindiko ekipamenduaren garapenean arreta jartzea. Azpiprograma horretan Baiona-Donostia konurbazioaren garapena barneratzen zen; eta baita Irun, Hondarribia, Hendaia Euro-distrituarena ere.
Interreg III (2000-2006) programaren helburu nagusia mugaren bi aldeetan lankidetza sendotzea izan da, Europako lurraldearen garapen orekatua eta integrazioa sustatze aldera. Hauek izan dira Euskal Herriari dagokionez Interreg III programan egin diren esku-hartzeak: Baiona-Donostia Euskal Hiria garatzea eta Bidasoa-Txingudi mugaz gaindiko Partzuergoa eratzea.
Interreg IV (edo Espainia eta Frantziaren arteko mugaz gaindiko Lankidetzarako Programa Operatiboa, lurralde arteko lankidetzarako helburu berriaren barnean), adierazi bezala, Pirinioetako lan-komunitatearen Partzuergoak kudeatzen du eta gutxi gorabehera 500 proiektu garatuko ditu indarrean izango den epealdian zehar (2006-2013).