La renovación de la alianza franco-navarra (23 de Marzo de 1515) rompió el aislamiento de los monarcas navarros, pero el posterior tratado entre Francisco I y el futuro Carlos I impuso el plazo de un año para una solución amistosa. Sin embargo, Fernando de Aragón incorporó Navarra a Castilla (11 de julio de 1515) y a su muerte se produjo un nuevo intento independentista protagonizado por ambas parcialidades navarras. A principios de febrero de 1516 los beamonteses se hicieron con el control de Pamplona y los agramonteses levantaron Olite, Tafalla y Sangüesa. La rápida reacción española permitió someter esas localidades y evitar que confluyeran en Roncesvalles las columnas de Juan III y el Mariscal de Navarra. Éste fue capturado en Isaba (25 de marzo de 1516) y Saint-Jean-Pied-de-Port fue recuperado por los españoles cinco días más tarde.
La represión del legitimismo se encomendó a un nuevo virrey, el duque de Nájera, cuñado del cabecilla beamontés, conde de Lerín. El Mariscal y los capitanes capturados fueron conducidos a Atienza (Guadalajara) y, para evitar futuras sublevaciones, los castillos y villas navarras no incluidas en el nuevo sistema defensivo fueron derruidos.