El recrudecimiento del invierno obligó a los españoles a abandonar nuevamente Baja Navarra a principios de 1524. Decidido a recuperar Hondarribia, Carlos V aceptó la negociación con Pedro de Navarra, que comandaba la guarnición franco-navarra de la villa y, a cambio de su entrega, concedió una amplia amnistía, el Perdón de Hondarribia (19 de febrero).
El conflicto navarro dio un nuevo giro en febrero de 1525 con la captura en la batalla de Pavía de los reyes de Francia y de Navarra. Poco después, el gobierno español de Navarra sufrió un vacío de poder, durante el que el Real Consejo emprendió una campaña antibrujeril y reocupó pacíficamente la Baja Navarra (15 de septiembre de 1525). Francisco I fue obligado a abandonar la causa Navarra, pero Enrique II consiguió escapar de Pavía (13 de diciembre) y confirmó la alianza franco-navarra casándose con la hermana del monarca francés.
En octubre de 1527, el Rey de Navarra expulsó a las tropas españolas de Baja Navarra e instauró una estructura política a imagen de la Alta Navarra, que en adelante se denominará Royaume de Navarre. La Paz de las Damas dos años después marcó el final del enfrentamiento militar, aunque la "cuestión navarra" siguió presente en las relaciones internacionales europeas durante todo el siglo.