Novia disputada. Su niñez y su adolescencia transcurrió bajo la tutela de su tío el rey de Francia Francisco I, la primera en el palacio de Alençon y la segunda en el castillo de Plessis-les-Tours. El francés la guardó casi en rehenes debido a la importancia que otorgaba a su matrimonio que podía decidir la suerte de la dividida Navarra. Ello es así que, siendo aún niña, tanto el rey de Francia como el Emperador Carlos V, enzarzados en la conocida pugna por la hegemonía europea, presentaban sus propios pretendientes a su mano, el duque de Cleves, el primero, el príncipe Felipe, el segundo. Tanto Enrique II como Margarita apoyaban a este último, no sólo por ser de mayor alcurnia sino porque mediante este matrimonio podía darse fin al contencioso navarro. Pero Francisco I consiguió el matrimonio con el de Cleves, que se celebró teniendo la princesa doce años y mediando protesta escrita de Juana. Pese a ello, las gestiones de Enrique II para casar a su hija con el ya viudo Felipe prosiguieron, máxime cuando Juana obtuvo la nulidad el 12 de octubre de 1545. Carlos V describía así a la princesa en carta a su hijo de 1548: «dicha princesa es de buena disposición, virtuosa, cuerda y bien criada...» La boda podía servir «de manera que se quitase la diferencia y pretensión sobre el reyno de Navarra». Muerto Francisco I y pese a toda la labor diplomática desplegada, Margarita y Enrique no pudieron impedir que el nuevo rey de Francia, Enrique II, impusiera a Juana un nuevo pretendiente. En 1548 casa, pues, con Antonio de Borbón, duque de Vendôme que aportaba a este ducado, el condado de Merle, la castellanía de Fére y algunas tierras de los Países Bajos. Por este enlace las flores de lis de los borbones se unieron al escudo de Navarra y, por esta vía, iban a llegar al de Francia, primero, y al de España luego.