Desde setiembre de 1936 una cruel represión, incomparablemente más dura que la ejercitada durante el dominio "rojo", se abate sobre Guipúzcoa en gran parte abandonada por gentes que huyen a Vizcaya. La cárcel de Ondarreta reúne el mayor contingente de presos que durante la noche son objeto de temibles "sacas", la mayor parte de las cuales desembocan en Oyarzun, Hernani u otro lugar cercano, tal como Galarreta, entre Hernani y San Sebastián. En Hernani, el cementerio, contra cuyas tapias se fusila a sacerdotes tales como Celestino Onaindía, P. Adarraga, J. de Ariztimuño y otros, a políticos célebres como Carrasco Formigueira o a simples lugareños, cuenta con varias fosas comunes en las que yacen alrededor de 200 muertos anónimos de esta época. Aquellos guipuzcoanos en edad militar que habían permanecido en territorio guipuzcoano creyendo que no tenían nada que temer, son obligados a alistarse en Falange o en el Requeté y enviados al frente. De voluntarios -15.000- de este tipo se nutrieron los tercios de Oriamendi, Zumalacárregui, San Ignacio, San Miguel y San Marcial. En la retaguardia el orden nuevo se organiza alrededor de los puestos de mando y de las emisoras y periódicos incautados de los que salen "La Voz de España" y "Unidad". Las mujeres son también objeto de presión afeitándoseles la cabeza cuando no pierden la vida. Desde la radio las homilías del P. Errandonea instan a los vencidos a arrepentirse mientras las escuelas se militarizan. El nuevo alcalde de San Sebastián, José Múgica, es destituido y desterrado por salir al paso de tanto atropello siendo sustituido por José M.ª Angulo (3 febrero 1937). Tal vez pocas cosas puedan resultar tan elocuentes como las listas de funcionarios purgados en el "Boletín Oficial de Guipúzcoa". El 23 de junio de 1937, tras la caída de Vizcaya, ambas provincias son declaradas "traidoras" y privadas del Concierto Económico.