Ya el día 26 se iniciaba el ataque a la posición de San Marcial, último baluarte de Irún. La lucha fue muy porfiada en ataques y contrataques. Ante la proximidad del peligro, el día 31 las autoridades republicanas dispusieron la evacuación al otro lado de la frontera de alrededor de 3.000 personas no aptas para la guerra. Una semana duró la cruenta lucha hasta que el 3 de setiembre caía San Marcial en poder del invasor, sentenciando la suerte de Irún. Al día siguiente caía Behobia y el puente internacional. En la madrugada del 5 de setiembre entraban los nacionales en Irún ocupando la frontera después de una lucha palmo a palmo. Los anarquistas coronaron el drama dando fuego a Irún que ardió en una gran parte. La defensa de Irún la había dirigido el teniente Ortega. El ataque lo dirigía el coronel Beorlegui, que resultó herido. La caída de Irún desmoralizó a la tropa de la Comandancia de San Sebastián.