Nazien aurreratze oldartsuaren ondorioz atzematen zituzten erbesteratu euskaldunen multzoan Agirre lehendakaria zegoen. Lehendakaria Parisen zegoen garai hartan, eta Belgikara joatea erabaki zuen bere familiarekin biltzeko asmoz. 1940ko maiatzaren 8an abiatu zen. Bi egun geroago Hitlerrek bere eraso nagusia gauzatu zuen mendebaldeko frontean. Agirre Belgikan harrapatuta gelditu zen bere senideekin eta talde euskaldunarekin batera (guztira 46 pertsona); indar aliatuen atzera egiteari jarraitzea erabaki zuen, Frantziarako bidea hartuz. Baina, zailtasun izugarriak zeuden.
Europan eta Amerikan zeuden pertsona euskaldun ospetsuek hainbat negoziazio egin zituzten lehendakaria salbatzeko, eta bitartean, Parisen Ybarnégarayk Agirre salatu zuen naziekin lankidetzan ari zela egotzita. Agirre arrisku larrian zegoen; izan ere, naziek edozein momentutan atxilotu eta Espainia frankistara eramateko arriskua zegoen, geroago Companysekin egin zuten bezala.
Maiatzaren 21ean eta 22an talde euskalduna Dunkerkeko inguruetara iritsi zen, eta nazien tropek jadanik erabat inguratuta zeukaten gune hura. Erresuma Batura zihoan ontzian sartzea ezinezkoa zen. Egoera zail hura ikusita, ezkutuan Belgikara itzultzea erabaki zuen Agirrek, eta jesuiten komentu batean babestu zen Bruselan. Bertan sei hilabete eman zituen eta denboraldi horretan Panamako Guardia Jaen kontsularekin harremanetan jarri zen. Kontsulak naziekin harreman onak zituen eta Agirre laguntzea erabaki zuen, eta hortaz, lehendabizi agiri egokiak eman zizkion. Ondoren, Guardia Jaenek Berlinera joatea proposatu zion Jose Antoniori, alibi bati esker eta Amerikarako irteera antolatzeko aukeraren zain gelditzekotan. Hura bilatzeko Gestapori bururatuko zitzaion azkeneko lekua izango zen Berlin.
Agirrek bere identitate berria hartu zuen Panamako hiritar gisa eta Andres Alvarez Lastra izen-abizenak erabilita lau hilabete eta erdi eman zituen Alemanian. Amerikara atzerriratuak izan ziren euskaldunek burutu zituzten negoziazioei eta Berlinen zegoen Panamako enbaxadorearen laguntzeko prestutasunari esker, lehendakariak Suediara joatea lortu zuen. Bertan bi hilabete gehiago itxaron ondoren, Amerikara itsasontziz abiatzea lortu zuen eta 1941eko abuztuaren 27an lehorreratu zen Rio de Janeiron. New Yorken finkatu aurretik, bidaia bat egin zuen Latinoamerikako hainbat herrialdetan zehar agintari eta erakunde euskaldunekin harremanetan jartzeko, politika gaiak zuzentzeari berriro ekiteko eta munduko gatazkan, euskaldunek aliatuen alde egingo zuten borroka antolatzeko.