Entre los numerosos refugiados vascos que son cogidos por el impetuoso avance nazi se encuentra el Presidente Aguirre. Este, que se encontraba en París por aquellas fechas, decide marchar a Bélgica para reunirse con su familia. Emprende el viaje el día 8 de mayo de 1940. Dos días después Hitler lanza su ofensiva general en el frente occidental. Aguirre queda atrapado en Bélgica con sus familiares y el grupo de la colonia vasca -un total de 46 personas- y decide seguir la retirada de las fuerzas aliadas hacia Francia. Pero las dificultades son enormes.
Personalidades vascas, en Europa y en América, hacen gestiones para intentar salvar al lehendakari, mientras en París, Ybarnégaray denuncia a Aguirre como colaborador a los nazis. El peligro que corre Aguirre es considerable ya que los nazis pueden detenerle en cualquier momento y mandarle a la España franquista como harán más tarde con Companys.
Los días 21 y 22 de mayo el grupo vasco llega a los alrededores de Dunquerke que se encuentra ya completamente cercado por las tropas nazis. Embarcar con destino a Inglaterra resulta imposible. Ante lo difícil de la situación, Aguirre decide volver clandestinamente a Bélgica donde se refugia en un convento de jesuitas, en Bruselas. Allí permanecerá durante seis meses, durante los cuales entra en contacto con el cónsul panameño Guardia Jaén, en buenas relaciones con los nazis, que decide ayudarle, facilitándole en un primer momento la documentación adecuada. Posteriormente, Guardia Jaén propone a José Antonio marchar al mismo Berlín, provisto de una coartada, en espera de organizar su salida hacia América. Será el último sitio donde a la Gestapo se le ocurrirá buscarle.
Aguirre, que adopta su nueva identidad como súbdito panameño bajo el nombre de José Andrés Álvarez Lastra, permanecerá cuatro meses y medio en Alemania. Las gestiones que desde América llevan a cabo los vascos allí exiliados y la buena disposición del embajador panameño en Berlín, logran que el lendakari pueda marchar a Suecia de donde, después de esperar dos meses más, logra embarcarse con destino a América, tocando tierra en Río de Janeiro el 27 de agosto de 1941. De allí, antes de instalarse en Nueva York, hará un viaje por varios países latinoamericanos para entrar en contacto con las autoridades y organizaciones vascas, retomar la dirección de los asuntos políticos y organizar la lucha de los vascos a favor de los aliados en el conflicto mundial.