El 1 de abril de 1859 remite una carta desde la ciudad francesa de Mont de Marsan a José Ignacio Orbegozo, Alcalde de Irún, informando que después del Convenio de Vergara intentó recuperar el puesto de organista pero el Alcalde de aquella época (a la sazón, Miguel Camino) le negó esta posibilidad. Once día después envía una segunda carta al Consistorio solicitando su regreso a su anterior puesto, propuesta que causa una profunda división entre los partidarios de respetar la escritura aún vigente otorgada al organista Juan Antonio Prol -el cual había desempeñado la organistía irunesa entre 1837 y 1859- y los que, con el Alcalde al frente, opinan que Echaide tiene derecho a retomar su antigua responsabilidad musical en Irún. Un grupo de concejales, sin embargo, son de la opinión de que "no puede despojársele a Prol ni reponer al señor Echaide en la plaza que solicita hasta tanto que se cumpla el término prefijado en la última escritura". Finalmente, tras la correspondiente votación se impuso por nueve votos a cinco la opción favorable a Echaide, quien "tiene derecho a que se le reponga en la plaza de Organista de esta villa... y se acordó dar posesión al señor Echaide a las ocho horas del día de mañana de la plaza de Organista de esta villa" (Archivo Municipal de Irún: Acta de 11-4-1859, vol. 92, fol. 19v-20v).
Al mismo tiempo que se recibía la carta de Echaide, Juan Antonio Prol se dirigía a su vez al municipio de Irún para defender sus derechos. El día 12 de abril de 1859, Agustín Echaide es repuesto en su cargo de organista de Irún, 22 años después de haberse visto obligado a abandonar el puesto. Al acto, celebrado en el coro de la Iglesia Parroquial de Santa María del Juncal a partir de las ocho de la mañana, asisten el Alcalde irunés, José Ignacio Orbegozo, el Concejal José Joaquín Olazábal, y el Secretario, en representación del Ayuntamiento, además del propio Echaide. Una vez leído el acuerdo municipal de restituir en el cargo a Echaide así como la protesta emitida por Juan Antonio Prol y su intención de recurrir dicho acuerdo, Echaide "abrió en el acto el órgano y tocó en el acto varias piezas e hizo otras señales y actos de verdadera y legítima posesión de Organista de la Iglesia Parroquial de esta villa".
Sin embargo, la respuesta de Prol surtió efecto: al día siguiente de la toma de posesión de Echaide, el Gobernador Civil de la provincia de San Sebastián solicita explicaciones al Ayuntamiento de Irún y ordena paralizar la posesión de la organistía por parte de Echaide. La respuesta del Ayuntamiento al Gobernador no se hace esperar y contesta con un amplio informe, exponiendo las razones que le han impulsado a tomar la decisión de desposeer a Prol remitiéndose al artículo 96 de las ordenanzas que trata sobre la forma de provisión de la plaza de órgano: al no haber mediado ningún tipo de oposición previa, la actual corporación considera que Prol está ocupando la plaza de organista de forma interina; si a ello añadimos que la posesión de Echaide era vitalicia, que éste no había renunciado formalmente a la plaza y que Prol había cometido graves faltas de disciplina, el Ayuntamiento había llegado a la conclusión de "promover su separación y la reposición del organista propietario". Entre dichas faltas se cita la ya tratada ausencia de Irún "sin siquiera dejar algún sustituto que hubiese sus veces, de manera que no asistió a misa mayor, en cuya celebración fue muy notada su falta, el coro no pudo cantar con concierto y fue todo esto una cosa que dio mucho que hablar en el público". Por último, refiere el Consistorio el dictamen favorable de dos abogados. Esta contestación, lejos de contar con la unanimidad del Consistorio, no será compartida por varios concejales, como se desprende del acta municipal del 24 de abril de 1859.
Comienza así un largo proceso de dictámenes, oficios, autos, informes, intercambios epistolares, etc. que se extiende durante más de un año y que sólo finalizará el 23 de junio de 1860, cuando el Consejo Provincial de Guipúzcoa emite sentencia, cuyas dos conclusiones principales, una vez estudiados todos los antecedentes, puede resumirse en los siguientes apartados:
- Se declara nula la escritura de Prol como Organista de Santa María del Juncal.
- Permite al Ayuntamiento la convocatoria de la plaza de organista pues le compete "la facultad de proceder desde luego a su provisión en la forma que determinan sus ordenanzas municipales, sin obligación de indemnizar a dicho don Juan Antonio Prol los daños y perjuicios que puedan originársele por la negación del contrato".
La sentencia es dada a conocer en el pleno municipal del 18 de julio de 1860 y se decide invitar a Prol a que siga ocupando interinamente la plaza de organista hasta que no se verifique la oposición y el consiguiente nombramiento oficial de su sucesor al frente de la organistía de Santa María del Juncal.