Bilbao siempre ha estado unida a las actividades portuarias vinculadas con la Ría. En la carta fundacional de esta villa del 15 de junio de 1300, se reconocía que el municipio tenía plena jurisdicción sobre la Ría. Para Bilbao la Ría era el vehículo de expansión de su industria y comercio. El 22 de junio de 1511 se creó el Consulado, Casa de Contratación y Juzgado de los hombres de negocios, de mar y tierra y Universidad de Bilbao. Con esta nueva organización se buscaba: potenciar el comercio; ayudar al desarrollo de nuevas técnicas de transporte y financieras; proteger y favorecer el desarrollo de una nueva clase comercial; y, también, fortalecer el poder de la Corona.
El Consulado de Bilbao completaba las funciones de las Cofradías de Mercaderes y Mareantes y, también, atendía los litigios pendientes en el ámbito artesanal y comercial. Las ordenanzas que esta entidad elaboró en 1737 han servido de pauta inspiradora a muchos códigos de Comercio de países latinoamericanos y al Código de Comercio español de 1829.
El Consulado de Bilbao impulsó desde sus comienzos y de manera decisiva el eje motor del comercio bilbaíno, el puerto de Bilbao, y pronto emprendió los estudios y las obras para mejorar sus infraestructuras. A partir de 1811 comenzó la decadencia del Consulado de Bilbao, con la introducción de la Comandancia de Marina y Capitanía de Puerto. Con el Código de Comercio que se estableció para toda España en 1830, las leyes y ordenanzas ya existentes de carácter comercial quedaron relegadas.
En 1830 se estableció en Bilbao el nuevo Real Tribunal de Comercio, que junto a la aparición de la Junta de Comercio, recogían las funciones judiciales, directivas y gremiales del antiguo Consulado de Bilbao. Con el Real Decreto del 14 de diciembre de 1859 se creó la Junta de Agricultura, Industria y Comercio de Vizcaya, por lo que se suprimía la anterior Junta de Comercio. El 13 de enero de 1868 se aprobó la Ley de Bases para la unificación de todas las legislaciones sobre actuaciones mercantiles. Esta ley se inscribe dentro de la política general abierta por el General Espartero al firmar el 29 de octubre de 1841 el Decreto de Abolición de la mayor parte de las Instituciones Forales. Por este decreto los poderes centrales tomaban el control directo sobre sectores de la administración que habían sido tradicionalmente gestionados por instituciones locales.
Con el Real Decreto del 28 de febrero de 1878 se estableció el primer Concierto Económico, que permitió cierta autonomía administrativa, delimitada a través de las Diputaciones.