Fue autor de un gran número de monografías, artículos de revistas y conferencias. Sus reflexiones sobre el importante problema del hambre aparecieron sintetizadas en la monografía que publicó en el año 2000 Hambre cuando hay pan para todos. Ha recibido alrededor de 15 distinciones y condecoraciones y por Resolución de la Presidencia de la República de Venezuela y del M.S.A.S., desde el 20 de abril de 1992, el Hospital de Sanare, Estado Lara, fue denominado "Hospital Dr. José María Bengoa". El 28 de enero de 2004 fue investido Doctor Honoris Causa por la Universidad de Alicante por su contribución a los estudios de nutrición comunitaria desde diversas plataformas internacionales, asistiendo, entre otros, el Consejero de Sanidad del Gobierno Vasco, Gabriel María Inclán.
En mayo de 2001 fue designado presidente Honorario de la Fundación que lleva su nombre donde continúa en su esfuerzo por lograr una humanidad más justa y por una acción de la sociedad entera a fin de erradicar la desnutrición y el hambre de todos los pueblos de la Tierra. En su varias veces citado discurso de Alicante hizo un clarividente análisis de su época:
"Hemos pasado un siglo difícil, donde han confluido los avances tecnológicos más extraordinarios de la historia del hombre con las más atroces matanzas y guerras sin piedad; donde las desigualdades económicas se manifiestan como nunca antes lo hicieron: existen multitudes de seres humanos en los cinco continentes que mueren de hambre y sufren de mengua, y conviven con otros que padecen una creciente mortalidad y prevalencia de procesos signados por el exceso en el comer y el sedentarismo. Todo eso en la misma época histórica, en el mismo planeta Tierra. Nunca antes se habían dado tantos contrastes en la vida del hombre. Nunca antes se habían conjugado simultáneamente tanto avance y tanto atraso, tanto conocimiento y tanta ignorancia, tanto equilibrio mental individual y tanto desequilibrio social; en fin, nunca antes se había visto tanto amor por la humanidad como lo demuestran los grupos voluntarios a comienzos de este siglo, y tanto desamor y crueldad, lo mismo en las guerras como en la paz".