La génesis del Athletic hunde sus raíces en la historia de su pueblo. El club es hijo de su tiempo, de cuando, a finales del siglo XIX, florecían las relaciones comerciales y culturales entre Bizkaia e Inglaterra. Los barcos bajo pabellón británico llegaban a las costas vizcaínas cargados con hulla y repletos de técnicos ingleses especializados que se incorporaban a las nacientes industrias vizcaínas. En lógico intercambio cultural salieron del puerto de Bilbao naves en las que, junto al rico mineral de hierro, viajaban numerosos jóvenes de la incipiente burguesía vasca que acudían a los prestigiosos colegios británicos a estudiar, principalmente, carreras técnicas industriales.
Dicho intercambio posibilitó que la semilla de un nuevo deporte, el 'foot-ball', prendiese en una sociedad hasta entonces centrada en las tradicionales actividades autóctonas. El remo, la pelota, el corte de troncos o el levantamiento de piedras vieron surgir un potente competidor. Como por arte de magia los jóvenes deportistas vascos comenzaron fascinados a practicar un extraño juego: dos cuadrillas de once muchachos en calzón corto persiguiendo un pelotón de cuero. Los acontecimientos se sucedieron a velocidad de vértigo. Surge el primer equipo de fútbol de la ciudad. Se llamó Bilbao Foot-ball Club. Este equipo celebraba sus partidos en Lamiako, frente a los hornos altos. El nuevo deporte sigue su imparable avance y gana también adeptos entre los jóvenes del célebre gimnasio Zamacois, que acabará por convertirse en lonja de contratación de partidos, y desde donde en 1898 se impulsará la creación del primer club de fútbol vasco: el Athletic Club.
En febrero de 1901, en el Café García, se forma una comisión integrada por Enrique Goiri, Juan Astorquia y Jose Mª Barquín, con la intención de preparar un reglamento para la nueva sociedad, que fue aprobado el 11 de junio de 1901. Fue nombrado primer presidente Luis Márquez Marmolejo y tras conseguir el permiso del Gobierno Civil, se constituyó definitivamente el club el 5 de septiembre de 1901.
Con el Bilbao F.C. hubo enfrentamientos por todo lo alto, debido a la rivalidad existente entre ambos clubs. Pero tras acercar sus posturas acuerdan unirse y forman una selección llamada Vizcaya, que juega los primeros partidos contra el Burdigala de Burdeos, al que vence. El triunfo más importante de este equipo es la consecución del primer campeonato de España en 1902, tras derrotar al Barcelona en la final por 2-1.
Tras haber pasado por unos apuros económicos que están cerca de hacer desaparecer al club, el Athletic cambia de campo y se traslada desde Lamiako a Jolaseta, coincidiendo con los primeros partidos internacionales del club. Mr. Sheperd es el primer entrenador reconocido del club y dirigió al Athletic aproximadamente durante un mes.