Fernando Lamikiz gana las elecciones y es el nuevo presidente. En la Liga, el Athletic finaliza el ejercicio clasificado en la novena posición de la tabla, rozando los puestos que dan acceso a Europa. En UEFA, el Athletic, que retornaba a Europa seis años después, cae eliminado en dieciseisavos de final ante el Austria de Viena. El 1-7 final en Lieja, supuso la mayor goleada continental de la historia del Athletic. En Copa, la lotería de los penaltis impidió el pase a la final. La ansiada final de Copa estuvo más cerca que nunca, tras una intensísima semifinal ante el Betis.
El Athletic estrena nuevo entrenador en la temporada 2005-06. José Luis Mendilibar es el encargado de dirigir a la primera plantilla. Ese verano, Lamikiz comete un error que, a la postre, le costaría el cargo. A pesar de ser consciente de que Iban Zubiaurre tiene contrato con la Real, decide presentarlo como nuevo futbolista del Athletic para las próximas seis campañas. El asunto, aún hoy -mayo de 2008- está pendiente de resolución judicial.
En lo deportivo, para comenzar, el Athletic se estrena en la Intertoto. El rival es el Cluj rumano y otra vez la lotería de los penaltis deja fuera a los rojiblancos. En Liga se empieza con una contundente victoria ante la Real, pero a partir de ahí los resultados no son los esperados. Tras diez jornadas de Liga, Mendilibar es sustituido por Javier Clemente, en la que es su tercera etapa como técnico del primer equipo, con la esperanza de enderezar el rumbo en la Liga y salir de los puestos de abajo cuanto antes.
Así, Clemente es el técnico elegido para afrontar el que, quizá, haya sido el reto de mayor magnitud en su dilatada carrera como entrenador: ahuyentar de Bilbao el fantasma del descenso. El de Baracaldo no tardó en efectuar su primer diagnóstico y volvió su mirada a la cantera con el objetivo de reforzar la estructura del equipo. La irrupción de Ustaritz, Dañobeitia y Amorebieta, en este sentido, es una de las más gratas noticias de la temporada. Otra de las claves de la permanencia se encuentra en el fichaje, en el mercado de invierno, de Aritz Aduriz, que es traspasado por el Valladolid a cambio de 2,8 millones de euros. El ariete usurbildarra, que de la mano de Heynckes ya había disputado cuatro partidos como rojiblanco en la 02/03, se erige en uno de los salvadores del equipo y sus seis goles marcados son una contribución de valor incalculable para continuar en Primera.
El Athletic, que había pasado 16 jornadas situado en plaza de descenso, sale de esa zona tras el agónico triunfo ante el Cádiz para, paulatinamente, ir poniendo tierra de por medio. La mejora defensiva es evidente y los rojiblancos hacen de la sobriedad la mejor de sus virtudes, convirtiéndose en un equipo parco en goles, pero más seguro atrás. Las excelentes actuaciones de Lafuente, que sustituyó a Aranzubia como guardameta titular tras el último choque de la primera vuelta, son otra de las claves de la salvación.
En lo que respecta a la Copa, el Athletic afrontaba su participación en el torneo del K.O. con grandes esperanzas después de su sensacional papel en el ejercicio precedente. Sin embargo, en esta ocasión el camino es más corto y los rojiblancos se despiden en octavos de final, es decir, en la primera eliminatoria a doble partido, ante el Real Madrid.