Abokatua eta politikaria, 1938ko ekainaren 2an Iruñean jaioa, familia ugari, katoliko, tradizionalista eta aberats batean. Sagrario Minarekin ezkondu zen eta 3 seme-alaba izan zituen. Euskaraz, gaztelaniaz, ingelesez eta frantsesez hitz egiten du.
Hamaika urte zituela Orendaingo (Gipuzkoa) eskolapioen eskolara joan zen ikastera. Han egon zen bi urteetan Campióngo, Iturraldeko eta Olorizko literatura ezagutu zuen eta euskara ikasteko lehen saiakera egin zuen.
Batxilergoa amaitu ondoren, Deustuko Unibertsitatera joan zen, Merkataritza Zientzien eta Zuzenbidearen Fakultatean ikastera, eta, beraz, ekonomia-arloko lizentziatura lortu zuen.
1961ean, 23 urte zituela, lehen erantzukizun-lana lortu zuen Sigma enpresan, eta, ondoren, ekonomialari-lanpostu bat bete zuen Tracsa enpresan. Handik, Iruñeko Eaton Ibérican hasi zen zuzendari kudeatzaile lanetan.
1962an Nafarroako Merkataritza eta Industria Ganberako buru izan zen, eta 1972ra arte aritu zen kargu horretan, eta beste jarduera batzuekin batera aritu behar izan zuen, hala nola Vianako Printzea Erakundearekin, Miserikordiako Etxe Santuko Zuzendaritza Batzordearekin, Nafarroako ikastolen talde sustatzailearekin eta abarrekin.
1974an bere abokatu-bulegoa sortu zuen Iruñean, beste hiru lankiderekin batera. Orain arte ez zuen kargurik izan EAJn, nahiz eta harekin argi eta garbi identifikatuta egon, eta Eusko Jaurlaritzak erbestean zituen liderrekin karteatzen zen, hala nola Manuel de Irujo, alderdian zuzendaritza-ardurak betetzera bultzatzen baitzuen.
1975ean Nafar Buru Batzarreko lehendakari hautatu zuten, Nafarroan EAJren zuzendaritza-organoa. Bi urte geroago, 1977ko martxoan hain zuzen, eta Juan de Ajuriaguerrak proposatuta, Euzkadi Buru Batzarreko lehendakari hautatu zuten, eta EAJren zuzendaritza izango zuen.
1977ko ekainaren 15eko hauteskunde orokorretan, Garaikoetxea izan zen Nafarroako Batasun Autonomista izeneko hauteskunde-koalizioaren burua, eta EAJ, EAE eta ESB aurkeztu ziren hauteskundeetara. 18.079 boto lortu zituzten, eta Garaikoetxea ez zuten diputatu hautatu.
1979ko apirilaren 3an egin ziren Nafarroako Parlamenturako lehen hauteskundeak, eta EAJ, EE, ESEI eta PTErekin batera, Iruñeko merindadean bakarrik aurkeztu zen. Hiru parlamentari lortu zituzten, besteak beste Manuel de Irujo eta Carlos Garaikoetxea.
Nafarroako Foru Parlamentuan lan laburra egin zen; izan ere, bi hilabete geroago, aho batez izendatu zuten bigarren Euskal Kontseilu Nagusiko lehendakari. Organo hori autonomia aurreko organo betearazlea zen, eta lehen Ramón Rubial izan zuen buru. Garaikoetxea eta Suárezen artean landu ziren gai garrantzitsuenak Estatutuaren proiektua, Ekonomia Ituna berreskuratzea eta "Nafarroa auzia" izan ziren. Nafarroa, hemen aztertu ezin ditugun arrazoiengatik, ez zen EAEn sartu, eta kolpe gogorra izan zen Garaikoetxearentzat, nafarra eta euskalduna zen aldetik Hego Euskal Herriko lau lurraldeek batasun administratiboa osa zezaten.
Carlos Garaikoetxea 1979ko Estatutuaren egileetako bat dela esan dezakegu, nahiz eta bere helburu guztiak bete ez zituen. Hainbatetan adierazi duenez, "aurri-egoeran zegoen eraikin bati eustekoa zen, eta Estatutuak balio izan zuen herrialdeak defizit sakon horiei aurre egiteko baliabideak izan zitzan eta jasaten ari zen expolio fiskaletik ateratzeko".
1979ko urriaren 25ean Estatutua onartu ondoren, Garaikoetxea lehendakari hautatu zuten 1980ko martxoaren 9ko hauteskundeetan. EAJk irabazi zituen hauteskundeak: 349.102 boto, botoen %38,1 eta 25 eserleku.
Garaikoetxeak lehen lau urteetan Lehendakari gisa egindako lanaren ezaugarri nagusia gobernua eta euskal erakundeak eraikitzea izan zen. Horretarako, besteak beste, Mario Fernández, Pedro Miguel Etxenike eta Pedro Luis Uriarte Eusko Jaurlaritzako kontseilari izendatu zituen.
Garaikoetxearen lehen gobernuan Ekonomia Ituna berreskuratzea lortu zen, autogobernuari eusteko ezinbesteko tresna. Gainera, Euskal Osasun Zerbitzua, Osakidetza eta EiTB sortu ziren, 1982ko abenduan, eta Ertzaintza. Eusko Jaurlaritzak Ortuellako eskolako gas-leherketari ere aurre egin behar izan zion 1980an. 1983an, dozenaka haur hil ziren, edo Bilboko uholdeak izan ziren. Ordura arte ezezagunak ziren egoera horiek, eta premiazko ekintzak egin behar izan ziren.
1984ko otsailaren 26an egin ziren Eusko Legebiltzarrerako hauteskundeak, eta bigarren legegintzaldiari eman zioten bide. Carlos Garaikoetxea lehendakari hautatu zuten berriro, lau urte lehenago baino portzentaje handiagoarekin. EAJk 451.178 boto lortu zituen, bozken %42,01 eta aurreko legegintzaldian baino 7 legebiltzarkide gehiago, 32.
Lehendakariaren eta Xabier Arzalluz EBBko lehendakariaren eta alderdiko zuzendaritza-organoen arteko barne-desadostasunak areagotu egin ziren lehen legegintzaldian. Lurralde Historikoen Legeak mugatu egin behar zituen Foru Aldundien eta Eusko Jaurlaritzaren eskumenak, EAJk Nafarroan duen erakunde osoa kanporatzea, eta Emilio Guevara Arabako diputatu nagusiak Eusko Jaurlaritzari egindako erasoek barne-krisia areagotu zuten Lehendakariaren eta EAJren artean. 1984ko abenduan, tentsio handiz garatu zen EAJren Batzar Nazionalean, Garaikoetxeak iragarri zuen ez zituela alderdiaren jarraibideak onartzen, eta, beraz, batzarrak konfiantza kendu zion, dimisioa edo kanporatzea saihesteko aukeratutako formula.
1985eko urtarrilean, José Antonio Ardanzak Carlos Garaikoetxea ordezkatu zuen lehendakari gisa, baina Garaikoetxearen eta EAJko zuzendaritza-organoen kideko sektoreen arteko tentsioek Eusko Alkartasuna (Eusko Abertzaleak) izeneko beste alderdi bat onartu zuen irailaren 4an, eta 1986ko abuztuan Gasteizen EAJren antolakuntzatik kanporatu zen. Garaikoetxeak eta inguruko sektoreak zatiketa egin zuten eta alderdi politiko berrira pasatu ziren.
1986ko azaroaren 30ean, ia denborarik gabe, Eusko Legebiltzarrerako hauteskunde berriak egin ziren. EAko buru izan zen Garaikoetxea, eta 181.175 boto lortu zituen, botoen %15,84 eta 13 parlamentari. Laugarren indar politikoa izan zen EAJ, PSE-EE eta HBren atzetik.
1987ko apirilaren 3tik 5era Iruñean egin zen bere biltzar eratzailea, eta euskal alderdi sozialdemokrata eta independentista sortu zen. Carlos Garaikoetxeak 1987an ordezkatu zuen Manuel Ibarrondo EAren buru, eta 1999ra arte izan zuen lehendakari.
Garaikoetxea 1989ko uztailaren 24an ordeztu zuen Eusko Legebiltzarrean Miren Agurne Irustak, Garaikoetxeak Europako parlamentariaren akta lortu zuenean. 1987an Espainiako Estatuan Europako Parlamenturako egindako lehen hauteskundeetan, EAk, ERC eta PNGrekin batera, Herrien Europaren aldeko Koalizioa izena hartu zuen. 1989ko Europako hauteskundeetan, Garaikoetxeak aulki bat lortu zuen berriro; oraingo honetan, aurreko hiru alderdiak Herrien Europaren alde izenarekin aurkeztu ziren. Bigarren etapa, Europako parlamentari gisa, 1989ko uztailaren 25etik 1991ko martxoaren 14ra bitartean Legebiltzarreko Arco Iris taldeko kide izan zena, oso emankorra izan zen Garaikoetxearentzat; izan ere, hainbat herrialde bisitatu zituen, horietako batzuk independentzia-prozesuan zeudenak, eta hitzaldi eta bileretan parte hartu zuen, non Europako buruzagi batzuei nazio gabeko estatuen proiektua azaldu baitzien, besteak beste, Euskal Herria.
Carlos Garaikoetxea Eusko Legebiltzarrean egon zen IV., V. eta VI. legegintzaldietan, 1990etik 2001era. Hiru legegintzaldi horietan EAren bozeramailea izan zen Parlamentuan. EA gainbehera motel baina etengabea hasi zen, 1990eko hauteskundeetan 115.703 boto lortu zituen, sufragioen %11,83 eta 9 diputatu. 1994koan 105.136 boto, boto guztien %10,31 eta 8 diputatu. 1998an 108.635 boto, boto guztien %8,69 eta 6 diputatu. Hamarkada horretan, Ajuria Eneko Mahaian parte hartu zuen, hainbat aldiz bildu zen Jose Maria Aznarrekin, Espainiako Gobernuko lehendakaria izanik, eta aktiboki parte hartu zuen Lizarra eta Garazi eta ETAren su-etenaren deklarazioarekin hasitako bake-prozesuan.
Carlos Garaikoetxeak 1999an utzi zuen politika aktiboa, eta Begoña Erraztik ordezkatu zuen EAko burua. Baina horrek ez zuen eragotzi gerora egin diren hauteskundeetan EAri parte hartzea eta laguntzea.
2009an, "indar abertzaleen metaketaren alde" dokumentuaren aurkezpenean parte hartu zuen, EAko buruzagiekin batera, eta ezker abertzaleko buruzagiak bertaratu ziren.
Gaur egun (2012), Garaikoetxeak Bilduren kandidatura babesten du, hainbat alderdi politikoren koalizioa, besteak beste, Ezker Abertzalea, EA, Aralar eta Alternatiba. Garaikoetxea ere, oraingoan testigantza moduan, Euskal Herrian zabaldu den agertoki politiko berri batean dago, ezkertiar, subiranista, independentista, aurrerakoi eta giza eskubideen koalizioarekin.