Avocat et homme politique né le 2 juin 1938 à Pampelune dans une famille nombreuse, catholique, traditionaliste et aisée. Il a épousé Sagrario Mina et a eu trois enfants. Il parle le basque, l'espagnol, l'anglais et le français.
À l'âge de onze ans, il est parti étudier à l'école des Pères Piaristes à Orendain, dans le Gipuzkoa. Pendant les deux années qu'il y passe, il se familiarise avec la littérature de Campión, d'Iturralde et d'Oloriz, et fait sa première tentative d'apprentissage de la langue basque.
Après avoir terminé ses études secondaires, il s'est inscrit à l'université de Deusto pour étudier à la faculté d'économie et de droit "Comercial", où il a obtenu son diplôme d'avocat-économiste.
En 1961, à l'âge de 23 ans, il obtient son premier emploi à responsabilité dans l'entreprise Sigma, puis travaille comme économiste dans l'entreprise Tracsa, d'où il passe au poste de directeur-gestionnaire chez Eaton Ibérica à Iruñea.
En 1962, il préside la Chambre de commerce et d'industrie de Navarre, poste qu'il occupe jusqu'en 1972 et qu'il doit combiner avec d'autres activités, telles que l'Institution du Prince de Viana, le Conseil de direction de la Santa Casa de Misericordia, le groupe de promotion des ikastolas en Navarre, etc...
En 1974, il crée son propre cabinet d'avocats à Iruñea, avec trois autres collègues. Jusqu'alors, il n'avait exercé aucune fonction au sein du PNV, bien qu'il y soit clairement identifié et qu'il corresponde avec des dirigeants du gouvernement basque en exil, comme Manuel de Irujo, qui l'encouragent à assumer des responsabilités de direction au sein du parti.
En 1975, il est élu président du Nafar Buru Batzar, l'organe directeur du PNV en Navarre. Deux ans plus tard, en mars 1977, sur proposition de Juan de Ajuriaguerra, il est élu président de l'Euzkadi Buru Batzar et accède ainsi à la direction du PNV.
Lors des élections générales du 15 juin 1977, Garaikoetxea est à la tête de la coalition électorale connue sous le nom d'Union autonomiste de Navarre, à laquelle participent le PNV, l'ANV et l'ESB. Ils obtiennent 18 079 voix et Garaikoetxea n'est pas élu député.
Le 3 avril 1979 ont lieu les premières élections au Parlement de Nafarroa, auxquelles le PNV participe avec EE, ESEI et PTE, en se présentant uniquement dans la circonscription de Pampelune. Il obtient trois députés, dont Manuel de Irujo et Carlos Garaikoetxea.
Son travail au Parlement provincial de Navarre est de courte durée, car deux mois plus tard, il est nommé à l'unanimité président du deuxième Conseil général basque, un organe préautonome purement exécutif qui était auparavant présidé par Ramón Rubial. Les principaux sujets abordés entre Garaikoetxea et Suárez furent le projet de statut, la récupération de l'accord économique et la "question navarraise". La Navarre, pour des raisons que nous ne pouvons pas analyser ici, n'a pas adhéré à la CAB, ce qui a été un coup dur pour Garaikoetxea, qui, en tant que Navarrais et Basque, a défendu et lutté pour que les quatre territoires de Hego Euskal Herria forment une union administrative.
Carlos Garaikoetxea peut être considéré comme l'un des architectes du statut de 1979, même si celui-ci n'a pas répondu à toutes ses aspirations. Il a déclaré à plusieurs reprises qu'"il s'agissait d'étayer un édifice en ruines et que le statut servait à doter le pays des ressources nécessaires pour faire face à ces profonds déficits et pour sortir du pillage fiscal auquel il était soumis".
Après l'approbation du statut le 25 octobre 1979, Garaikoetxea a été élu Lehendakari lors des élections du 9 mars 1980. Le PNV remporte les élections avec 349 102 voix, 38,1% des suffrages et 25 sièges.
Le travail de Garaikoetxea au cours de ses quatre premières années en tant que Lehendakari a été caractérisé par la construction du gouvernement et des institutions basques. À cette fin, il nomme Mario Fernández, Pedro Miguel Etxenike et Pedro Luis Uriarte, entre autres, conseillers du gouvernement basque.
Au cours du premier gouvernement de Garaikoetxea, l'Accord économique, instrument indispensable au maintien de l'autonomie, fut récupéré. En outre, le Service de Santé Basque, l'Osakidetza, l'EiTB, dont la première émission a eu lieu en décembre 1982, et l'Ertzaintza ont été créés. Le gouvernement basque doit également faire face à l'explosion de gaz à l'école d'Ortuella en 1980, qui provoque la mort de dizaines d'enfants, et aux inondations de Bilbao en 1983, des situations inconnues jusqu'alors et qui nécessitent des mesures d'urgence.
Le 26 février 1984, les élections au Parlement basque ont lieu, marquant le début de son deuxième mandat. Carlos Garaikoetxea est réélu Lehendakari, avec un pourcentage plus élevé que quatre ans auparavant. Le PNV obtient 451.178 voix, 42,01% des voix et 7 députés de plus que dans la législature précédente, 32.
Les désaccords internes entre le Lehendakari et Xabier Arzalluz, président de l'EBB, et les instances dirigeantes du parti se multiplient au cours de sa première législature. La loi sur les territoires historiques, qui devait délimiter les compétences des conseils provinciaux et du gouvernement basque, l'expulsion de toute l'organisation du PNV en Navarre et les attaques du député général de l'Alava, Emilio Guevara, contre le gouvernement basque aggravèrent la crise interne entre les Lehendakari et le PNV. En décembre 1984, lors de l'assemblée nationale du PNV, qui se tient sous haute tension, Garaikoetxea annonce qu'il n'accepte pas les orientations du parti et l'assemblée lui retire sa confiance, formule choisie pour éviter la démission ou l'expulsion.
En janvier 1985, José Antonio Ardanza remplace Carlos Garaikoetxea au poste de Lehendakari, mais les tensions entre les secteurs favorables à Garaikoetxea et les instances dirigeantes du PNV se poursuivent jusqu'à l'expulsion de l'organisation du PNV de Vitoria-Gasteiz en août 1986, avec Manuel Ibarrondo à sa tête, qui approuve le 4 septembre un nouveau parti EA (Eusko Abertzaleak), qui s'appellera plus tard Eusko Alkartasuna. Garaikoetxea et ses proches collaborateurs ont consommé la scission et ont rejoint le nouveau parti politique.
Le 30 novembre 1986, à peine le temps d'organiser le nouveau parti, de nouvelles élections au Parlement basque sont organisées. Garaikoetxea se place en tête de l'EA, obtenant 181 175 voix, 15,84 % des suffrages et 13 députés, ce qui en fait la quatrième force politique derrière le PNV, le PSE-EE et le HB.
Du 3 au 5 avril 1987, son congrès constitutif se tient à Iruñea et donne naissance à un parti social-démocrate et indépendantiste basque. Carlos Garaikoetxea a remplacé Manuel Ibarrondo à la tête de l'EA en 1987 et en a été le président jusqu'en 1999.
Garaikoetxea a été remplacé au Parlement basque le 24 juillet 1989 par Miren Agurne Irusta, lorsque Garaikoetxea est devenu député européen. Lors des premières élections au Parlement européen en Espagne en 1987, l'EA s'est présentée avec l'ERC et le PNG sous le nom de Coalition pour une Europe populaire. Lors des élections européennes de 1989, Garaikoetxea a de nouveau obtenu un siège, cette fois les trois partis se sont présentés sous le nom de Por la Europa de los Pueblos (Pour une Europe des peuples). La deuxième période en tant que député européen, pendant laquelle il fut membre du groupe Arc-en-ciel au Parlement, entre le 25 juillet 1989 et le 14 mars 1991, fut très prolifique pour Garaikoetxea, car il visita de nombreux pays, dont certains étaient en voie d'indépendance, et participa à des conférences et à des réunions au cours desquelles il put expliquer à différents dirigeants européens le projet des États sans nation, parmi lesquels se trouvait le Pays basque, et tenter de créer une Europe des nations.
Carlos Garaikoetxea a siégé au Parlement basque pendant les IVe, Ve et VIe législatures, de 1990 à 2001. Au cours de ces trois législatures, il a été le porte-parole d'EA au Parlement. Lors des élections de 1990, EA a obtenu 115 703 voix, soit 11,83 % des voix et 9 députés. Aux élections de 1994, elle a obtenu 105 136 voix, 10,31% des voix et 8 députés. Aux élections de 1998, 108 635 voix, 8,69% des voix et 6 députés. Au cours de cette décennie, il participe à la table ronde Ajuria Enea, rencontre à plusieurs reprises José María Aznar lorsqu'il est Premier ministre de l'Espagne et participe activement au processus de paix entamé avec la déclaration de Lizarra-Garazi et le cessez-le-feu de l'ETA.
Carlos Garaikoetxea a quitté la politique active en 1999, remplacé à la tête de l'EA par Begoña Errazti. Cela ne l'a pas empêché de participer et de soutenir l'EA lors des élections qui ont eu lieu par la suite.
En 2009, il a participé à la présentation du document "pro accumulation des forces nationalistes", avec les dirigeants d'EA, à laquelle ont assisté les dirigeants de la gauche nationaliste.
Actuellement (2012), Garaikoetxea soutient la candidature de Bildu, une coalition de plusieurs partis politiques dont la Gauche Abertzale, EA, Aralar et Alternativa. Garaikoetxea est également présente, cette fois-ci de manière testimoniale, dans un nouveau scénario politique qui s'est ouvert au Pays Basque, avec la création d'une coalition de gauche, souverainiste, indépendantiste, progressiste et basée sur les droits de l'homme.