Contiene el corazón de Carlos II el Malo. Se halla dentro de un nicho que hay en la pared sobre el altar de San Joaquín. Es cuadrada, tiene 25 cms. de lado y la forman gruesas y toscas tablas pintadas: en su frente y en cara opuesta destácanse, sobre fondo negro, ramajes amarillos groseramente trazados, y en el centro un gran corazón rojo entre dos pequeños escudos con las armas reales de Navarra. Los costados, rojos también, lucen las cadenas heráldicas de color amarillo, que en su origen quizá fue dorado; en la parte alta, en una faja blanca que rodea la arquilla, se leen estas palabras, escritas en caracteres góticos negros con inicial roja: Cor : mundum : crea : in : me : Deus : et : Spiritum : rectum : innova : in : visceribus : meis. La tapa es blanca exteriormente, y en ella se ve escrito lo que sigue en letras negras, góticas también: Aquí está el corazón del rey Don Karlos qui morió en Pamplona la primera noche de jenero L'ayno de la incarnation de nuestro Seynnor ML. CCC. IXXX et VI et regnó XXXVII ainos et vivió L ainos IIII meses et XXII días. Dios por su mercé li faga perdon. Amen. En la cara interior de la tapa hay estas palabras: Repárose año de 1571.
Esta arquilla, es construcción probable del carpintero Aparicio, y fue pintada por alguno de los artífices que se emplearon en la ejecución de los escudos para el ornato del templo. Contiene dos actas, extendidas en las dos ocasiones en que fue abierta, y dos picheles, uno esférico de estaño, partido, y otro rectangular, de latón, con tapa de cristal, soldada para que no pueda abrirse. El esférico, que fue el que primitivamente contuvo el corazón del rey, y que construyó Juan el estañero, ha quedado abierto, vacío e inutilizado: el rectangular es el que sustituyó en el siglo XVI, cuando se hizo la reparación del año 1571, y entonces se introdujeron en él, juntamente con la regia víscera que disecó el hebreo Samuel, puesta sobre un paño blanco y ya convertida en una masa rugosa de color rojo negruzco con cristalizaciones azuladas, dos esponjitas que quizá estuvieron impregnadas de sustancias aromáticas y antipútridas.
Ref. Madrazo, P.: Navarra y Logroño, III, p. 301.