Aurrez aipatu bezala, 1998. urtea funtsezkoa izan zen Itsas Jauregiaren etorkizunari so. Aukera berriak zabaldu ziren eta lan-ildo berriak garatu ziren. Horiei esker, espazio horrek balio eta protagonismo handia ukan du hirian eta Euskal Herria osoan. Urte hartan milioi erdi baino gehiago izan ziren gure instalazioetan izan ziren pertsonak. Horrela, aurreikuspen guztiak gainditu ziren eta gure instituzioak eta orokorrean Donostiak bestelako irudi bat hartu zuten. Instituzioak buru-belarri murgildu ziren proiektuan eta berehala etorri ziren emaitzak. Hurrengo urteetan eta instalazio berriak zabaltzean izandako boom handia igarota, publiko kopurua egonkortu egin zen hirurehun mila bisitarien bueltan, oso kontuan izateko kopurua halako espazio batentzat. Horri dagokionez, bisitaria gure heziketa- eta dibulgazio-programetako parte eta helburu izan da, eta hala da oraindik ere. 1998an lan-ildo hori aztertu eta sustatzeko heziketa saila garatu zen. Helburua haur eta bisitariek, bisita amaitu ostean, itsas eremuaren eta biodibertsitatearen inguruko ezagutza jakin batzuk bereganatzea da. Asko dira urtez urte bisita errepikatzen duten ikastetxeak eta haiekin elkarrizketa oso gertukoa da, heziketa-programak hobetzeko asmoz gauzatzen direnak. Halaber, publiko orokorrago bati beha, aldizkako erakusketak antolatzen dira. Horietan gai ezberdinak garatzeko ahalegina egiten da, modu horretan, ibilbidean zehar dinamismoa ematen zaie edukiei eta oso epe laburretan erakusketa-programa berriak eskaintzen dira. Era berean, ez da ahantzi behar auditorioa maiz erabiltzen dela kongresu eta hitzaldiak antolatzeko.
Bestalde, barneko instalazioetan izaera zientifikoa duten programa anitz garatzen dira, beste zientzia-instituzio batzuekin edota beste akuario batzuekin lankidetzan. Orobat, egia da Biologia Sailaren eginkizun nagusia gure instalazioetako fauna modu egokian kontserbatu eta mantentzea dela. Argi dago hori dela helburu nagusia. Dena den, aldizka emaitza paregabeak eman dituzten proiektu txikiak gauzatu dira eta gure lan-taldeak prest izan dira beti edozein motako lankidetza abiarazteko. Horien artean aipagarri dira AZTIk sustatutako Legatza proiektua edo Antxoa proiektua, oso emaitza interesgarriak izan dituztenak. Era berean, beste akuario batzuekin izandako lankidetza azpimarratu behar da, besteak beste, Valentziako Ozeanografia akuarioarekin edota Miarritzeko akuarioarekin.
Alabaina, Gipuzkoako Ozeanografia Fundazioaren (FOG) xedea ikerkuntza arloko azterketak modu askoz sakonagoan bultzatu eta sustatzea da, prestigioa eta aplikagarri izango diren emaitzak lortze aldera; berreskuratze-proiektuak, I+G, etab.
Ildo horretatik, Itsas Biologiako Masterrak balio erantsia eman dezake, izan ere, beren proiektuak gure instalazioetan landu eta gara ditzaketen ikasle eta gazteak erakar ditzake. Baina, horretarako, ezinbestekoa da haiek hobetu eta areagotzea.