Zangozan jaio zen 1503ko abuztuan. Horregatik sangüesino (zangozar) ezizena hartu zuen. Nafarroako koroaren oinordeko zenez, Vianako Printze titulua izan zuen, 1517an erregetza baitaratu zuen arte. Catalina I.a ama izan zen bere tutorea 1515eko martxora bitartean. Urte hartako urtarrilean Luis XII.a Frantziakoa hil egin zen eta Francisco I.ak hartu zuen haren lekua, hogei urterekin. Jazoera horrekin Juan eta Catalinaren itxaropenak piztu egin ziren, izan ere, 1512tik aurrera Francisco gaztearen amak semeak erregetza baitaratzen zuenean Nafarroako monarkei beren erreinua berreskuratzeko ahaleginean laguntza emateko konpromisoa hartu zuen.
Konpromiso hori ikusirik eta Nafarroa berreskuratzeko Frantziako tropen laguntza ezinbestekoa zela jakinda, Nafarroako monarkak Francisco I.arekin aliatu ziren. Modu horretan, Luis XII.a erregea bizi izan zen artean sekula hartu gabeko konpromiso bat hartu zuten: Enrique Frantziako gortera eramatea, haren heziketarekin han jarraitzeko. Vianako Printzea eta aita 1515eko martxoan abiatu ziren Biarnotik Frantziako gorterantz. Hara iristean gazte nafarra Frantziako erregeen tutoretzapean geratuko zen, Frantziako Claudia subiranoaren Ostatura atxikita.
1517ko otsailean Nafarroako erregina hil egin zen eta Biarnoko Estatuek haren aitaren aldeko aitona, Albreteko Alain izendatu zuten tutore. Aitonak eragin nabarmena izan zuen Albreteko Enriquerengan eta aldez aurretik gurasoek garatutako helburu eta ildo politikoekin jarrai zezan lortu zuen, hots, Biarno eta Nafarroaren arteko loturak sendotzen jarrai zezan. Modu horretan sortu zen Pierre Tucco-Chala historialariak Estatu independente bikoitza izendatu zuena: Nafarroa-Biarno.
Enrique II.ak bi aldetako jokabide politikoa garatu zuen Espainia eta Frantziako Monarkiekin. Hala, Austriako Etxearekin negoziazioetan izan zen Pirinioen hegoaldera kokatutako Nafarroako lurrak berreskuratzeko xedez. Bestalde, Frantziako erregearekin kolaboratu zuen hainbat proiektu armatu gauzatzeko, esate baterako, hogeiko hamarkadan gauzatutako Italiako inbasioa, Paviako borrokan atxilotu zutelarik (1525). Frantziako monarkaren eragina erabakigarria izan zen hainbat kontu garrantzitsutan, esate baterako, bere ezkontzan; izan ere, Francisco I.aren arreba zen Margarita Angulemakoarekin ezkondu zen 1527an. Horrenbestez, Catalina I.a eta Juan III.aren nahimenak pikutara joan ziren, haiek Carlos V.aren arrebetako batekin ezkon zedin nahi baitzuten.
Nafarroan instituzio-berrikuntza nabarmenak ezarri zituen, esate baterako, Auzitegi Nagusi bat eratu zuen Saint Palaisen, Nafarroa Garaiko Gorte Nagusiaren (bere gurasoen garaian berriztatutako instituzioa, Errege Kontseilua eta Kontuetako Ganbera bezalaxe) parekoa zena. Instituzioak modernizatzeko prozesu horren barnean, 1534an justizia kriminala eta justizia zibila ganbera independentetan (bakoitza presidente batekin eta sei kontseilarirekin osatua) banatzea eragingo zuten ordenantzak argitaratu ziren. Halaber, hil aurretik Biarnoko Foruen bilduma (1551) argitaratzeko gai izan zen. Bilduma hori da gobernuak itunak egiteko zuen jarreraren adibide nagusiena, erregeen eta jopuen itunaren ondorioz.