Hacia la autonomía judicial de Guipúzcoa. Por razones políticas, Fernando el Católico quiso que hubiera un vicario general para Guipúzcoa, no un delegado temporal, que ya existía. De ahí que acudiese al Papa y buscase el apoyo del card. Fazio Santori, administrador del obispado de Pamplona (1508). Al parecer, no hubo respuesta pontificia. Entonces recurrió directamente por dos veces a los obispos de Pamplona y Bayona a fin de que diesen sus facultades a personas idóneas de Guipúzcoa, que castigasen los delitos (1511 y 1512). El resultado fue negativo. Carlos I pretendió ir más adelante. Ante el restablecimiento del card. Amaneo de Labrit en la sede de Pamplona, reaccionó pidiendo la desmembración de la provincia de Guipúzcoa so pretexto de que el citado cardenal era persona inconfidente. A ruegos de don Carlos se erigió, en tiempos de León X, una abadía mitrada dependiente directamente de Roma con facultades muy amplias en los dos arciprestazgos. Pero no consta que la bula fuese ejecutada. Y tan pronto como la mitra de Pamplona posó en el card. Casarini, persona confidente, el emperador mandó revocar la abadía mitrada, a condición de que el arciprestazgo de Fuenterrabía se uniese al obispado de Pamplona. Ambas cosas se consiguieron rápidamente. El arciprestazgo menor permaneció unido a Pamplona hasta el año 1532. En 1567, a instancias de Felipe II, 41 pueblos (7 guipuzcoanos y 34 navarros), encuadrados en los arciprestazgos de Fuenterrabía, Baztán, Cinco Villas y Santesteban de Lerín, pasaron de la obediencia de Bayona a la de Pamplona. En 1597 los guipuzcoanos resucitaron el plan de un vicario general en Tolosa, donde se acabasen los pleitos sin apelación posible. Se vio que esta idea era impracticable y entonces se pensó en trasformar la Provincia en Obispado. El obispo de Pamplona, Zapata, apoyó esta petición en la Corte y aun insinuó la posibilidad de que las Cinco Villas de Navarra se incorporasen a la Provincia para este efecto. El proyecto era utópico de momento. La Junta General de Tolosa (1604) acordó se procurase que el rey cediese a la Provincia los patronatos suyos que fueren vacando para erigir en Guipúzcoa una abadía que administrase todos los negocios eclesiásticos. Esto representaba una vuelta a la abadía nullius a costa del rey. El clero guipuzcoano se dio cuenta de que no era útil la erección de un abadía con jurisdicción civil y criminal, porque tal abad, de acuerdo con el concilio de Trento, tendría que estar sujeto al obispo de Pamplona y sus sentencias serían apelables ante los jueces episcopales, «con que se acrecientan los gastos e inquietudes, además de ser de poca autoridad para una provincia como ésta». La autoridad de la provincia exigía la creación de un obispado exclusivo de Guipúzcoa. Radicaría en Tolosa. Sería asistido por doce canónigos, diez racioneros, un cura, ocho capellanes y una capilla musical. La presencia del obispo conllevaba evidentes ventajas pastorales. El nudo gordiano del problema estaba en la financiación del proyecto. Para echarlo a andar, serían necesarios al menos 12.000 ducados de renta anuales. ¿Dé dónde sacarlos? Aquí es donde el memorialista dejaba volar la fantasía. Gorosábel consideró «disparatado, aéreo e impracticable» el proyecto. No pensaba así el jesuita Manuel de Larramendi hacia 1750. Veía grandes ventajas pastorales en un Obispado con sede en Tolosa. Pero a la hora de señalar los medios de subsistencia, incurrió en falta de realismo. En tiempo del obispo Zorrilla los guipuzcoanos desenterraron el proyecto de un vicario general para toda la Provincia, que entendiese en todos los pleitos. La iniciativa partió del clero. La Junta General de la Provincia, celebrada en Azpeitia en la primavera de 1629, decretó que se siguiese este negocio en nombre de la Provincia a costa del clero y presentó en el Consejo de la Cámara las dos cédulas originales de Fernando el Católico sobre la materia, pidiendo sobrecarta de las mismas (2 junio 1629). El Consejo declaró no haber lugar a la sobrecarta que se pedía y se devolvieron las cédulas a la Provincia para que usase de ellas como bien visto le fuere, por auto del 6 de febrero de 1630, del cual se suplicó y se mandó que informase el obispo de Pamplona. El prelado informó desfavorablemente (22 marzo 1632), pidiendo que se impusiese perpetuo silencio. Replicó la Provincia al informe, pero el fiscal de la cámara también se opuso a la pretensión guipuzcoana (4 mayo 1632). Entonces salieron a la causa del obispo la Diputación y los síndicos del reino de Navarra. Felipe IV solicitó informe del corregidor de Guipúzcoa. Se desconoce cómo informó. El clero entabló pleito contra el obispo en la Rota, logrando sentencia favorable, pero los despachos quedaron retenidos en el Consejo de Castilla y así, pese a todos sus esfuerzos, la Provincia no consiguió ver un vicario general en su territorio. La última tentativa en este sentido corrió a cargo de la Junta General celebrada en Zarauz (julio 1798). La negativa de los tres arciprestazgos (Mayor y Menor, y de Léniz) a conferenciar en privado sobre el tema, fue unánime y tajante. ¿Cómo se explica este cambio de actitud? A finales del s. XVIII existían fuertes tensiones entre el clero y la provincia sobre ofrendas, publicación de bandos, etc. y sobre todo a causa de ciertos brotes de doctrinas regalistas, jansenistas y enciclopedistas entre los dirigentes de la Provincia. El clero mantuvo la misma actitud conservadora a lo largo del s. XIX.