La relación entre los cineastas vascos, el cine vasco y el Festival de San Sebastián ha sido estrecha a lo largo de la historia del certamen. El cine del país no podía desaprovechar el brillante escaparate y la proyección internacional que ofrece Donostia. Ya la base sobre la que se ha asentado el cine vasco contemporáneo, la película Ama Lur (1968) de Fernando Larruquert y Néstor Basterretxea, se presentó fuera de concurso en el festival siendo seguida por efectivos policiales que observaban atentamente las reacciones del público en la sesión del cine Astoria. Al final el publicó ovacionó el film y los cineastas lograron el Premio Ateneo Guipuzcoano. En 1973 otro vasco pasó a la historia del festival. Víctor Erice lograba la Concha de Oro con El espíritu de la colmena. Era la primera vez que una película española lograba el preciado galardón.
En la edición de 1977 los cineastas vascos aprovecharon la abolición de la censura y el nuevo aire de libertad que se respiraba en el ambiente. Se organizó un ciclo de películas vascas y unas "Primeras Conversaciones de Cine del País Vasco". Si bien esa iniciativa acabó en polémica ya que algunos cineastas acusaron al Festival de marginar al cine de Euskadi es inevitable ver en esas jornadas un claro precedente de los maratones de cine vasco organizados en Zinemaldia a partir de la segunda mitad de los noventa. En la edición de 1979 el cine vasco volvió a ser protagonista gracias al polémico pase de El proceso de Burgos. Los residuos del franquismo todavía vivos intentaron prohibir la proyección, pero Uribe, después de sufrir muchas presiones, consiguió exhibir su obra. Su coraje tuvo premio ya que el documental logró el Premio Perla del Cantábrico.
En la primera mitad de los ochenta, coincidiendo curiosamente con una de las etapas más críticas en la historia del certamen por la pérdida de la categoría A, San Sebastián fue testigo privilegiado de la eclosión del cine vasco moderno. La fuga de Segovia causó expectación al ser presentada en la edición de 1981. El estreno de La conquista de Albania (1983) se retrasó 24 horas, alterando el programa establecido, para que pudiera asistir a la proyección el lehendakari Carlos Garaikoetxea. Y películas como Tasio (1984), Kalabaza tripontzia (1985), 27 horas (1986) o Ke arteko egunak (1989) lograron distintos premios durante los ochenta.
Pero fue la década de los noventa la edad de oro del cine de Euskal Herria en San Sebastián ya que tres directores vascos lograron cuatro Conchas de Oro. Montxo Armendáriz la obtuvo en 1990 con Las cartas de Alou en una decisión controvertida, ya que se la arrebató a la mejor película exhibida en la Sección Oficial, Miller's Crossing-Muerte entre las flores de los hermanos Coen. Al año siguente fue Juanma Bajo Ulloa con su excelente opera prima Alas de mariposa el que logró el galardón. Imanol Uribe, por fin, obtuvo la Concha de Oro con Días contados en 1994 y con Bwana (ex aequo con Trojan Eddie de Gillies Mackinnon) en 1996. El Festival corroboraba de esta manera el gran nivel que había alcanzado el cine vasco con los años. En 2003 la polémica desatada por la exhibición de La pelota vasca devolvió a los cinéfilos el amargo sabor de la persecución política desatada en otros tiempos contra Ama Lur o El proceso de Burgos.
A partir de 1997 el Festival, fruto de una demanda cada más intensa de los cineastas del país, creó dentro de su programación el Día del Cine Vasco, oportunidad para ver la producción vasca del año. En todo caso, teniendo en cuenta que el certamen está financiado en gran parte por capital vasco y que el cine de Euskadi ha progresado con los años logrando un nivel notable se echa de menos un mayor protagonismo del cine vasco en las distintas secciones del Festival de San Sebastián. Ese desequilibrio entre la calidad de la producción vasca y su escasa presencia en las secciones vitales del certamen (Sección Oficial, Zabaltegi, etc) es una de las asignaturas pendientes del Zinemaldia. De hecho sorprende que San Sebastián tenga una sección de ayuda a la producción cinematográfica en Latinoamérica (Cine en construcción) y carezca de una infraestructura similar para el cine de Euskal Herria.
En la edición 57 (2009) se dio un paso importante en la reivindicación de convertir el Zinemaldia en un escaparate digno que pueda ser utilizado por el cine vasco para promocionarse a nivel internacional. El tradicional Día del Cine Vasco se amplió para convertirse en una sección más del certamen denominada Zinemira-Panorama del Cine Vasco. Con esta sección, patrocinada por el Gobierno Vasco, se busca dar mayor presencia al cine vasco en el Festival. Zinemira forma parte de la programación general del certamen con pases a lo largo de toda la edición. Dentro de la programación de Zinemira se incluye la proyección de una serie de películas elegidas por el comité de selección entre lo mejor que ha dado de sí el cine vasco en el año, la Gala del Cine Vasco en el Teatro Victoria Eugenia y la concesión del premio Zinemira. El fin de este galardón es destacar la trayectoria de una personalidad del cine vasco. En esta primera edición el honor recayó en el director Imanol Uribe.