Las sedes principales del festival son el Teatro Victoria Eugenia y el Kursaal. El Teatro Victoria Eugenia fue la sede principal hasta la construcción en 1999 del Centro Kursaal. Las instantáneas de las estrellas del séptimo arte posando en sus escaleras con la alfombra roja ante una nube de fotógrafos se han convertido en imagen emblemática del Zinemaldia. El Kursaal ha cobrado mucho protagonismo desde su inauguración. Quizá carezca del glamour señorial del Teatro Victoria Eugenia pero es un edificio sumamente práctico y funcional que acoge la gala de inauguración, la de clausura, la entrega de premios, etc. Otros cines de la ciudad como el Teatro Principal, el más antiguo de la capital guipuzcoana, o los Cines Príncipe tienen también importancia durante el desarrollo del Festival, así como el Hotel María Cristina, que aloja a las estrellas que acuden a San Sebastián.
En cuanto a las secciones en la Sección Oficial se captan para San Sebastián las producciones internacionales más interesantes del año. Condición indispensable para presentarse a la Sección Oficial es no haber competido antes en otro certamen. Esta es, en todo caso, tan sólo una de las normas que impone el reglamento para toda producción que aspire a estar presente en la Sección Oficial del Zinemaldia optando a la Concha de Oro. De gran interés es también "Zabaltegi", sección en la que se pueden ver películas previamente estrenadas en otros festivales u óperas primas de nuevos directores. El espíritu innovador de esta sección, en la que abundan los debates con los cineastas, convierten a Zabaltegi en una de las citas más esperadas de los cinéfilos que acuden a Donostia. La Sección "Made in Spain" muestra la producción española más importante del año. "Horizontes latinos" presenta películas inéditas en España producidas en América latina. "Cine en construcción" es una sección que sirve de plataforma para películas latinoamericanas en fase de postproducción. La cita del Velódromo acoge estrenos de películas en una gran pantalla de 400 metros cuadrados en el Velódromo de Anoeta y se ha convertido en otra de las citas ineludibles del gran público durante el Zinemaldia.
Hay que destacar también las diferentes retrospectivas, otro punto paradisíaco para el cinéfilo. Hay una retrospectiva clásica, otra temática y otra contemporánea. En esta última, presente desde 1985, San Sebastián ha dado la oportunidad de conocer a fondo las trayectorias de cineastas como Roman Chalbaud, John Sayles, Hou Hsiao-hsien, Eloy de la Iglesia, Peter Bogdanovich, Terry Gilliam, Bertrand Tavernier, Bernardo Bertolucci, Otar Iosseliani, Volker Schlöndorff, Michael Winterbottom, Woody Allen, Abel Ferrara, Barbert Schroeder, Philippe Garrel, Terence Davies, Mario Monicelli o Richard Brooks... Y no se puede olvidar el Día del Cine Vasco, celebrado desde 1997, una excelente oportunidad de apreciar la producción de Euskadi del año.
Por lo que se refiere a los premios, en la Sección Oficial se otorga la Concha de Oro a la Mejor Película, la Concha de Plata al Mejor Director/a, la Concha de Plata a la Mejor Actriz, la Concha de Plata al Mejor Actor, El Premio del Jurado a la Mejor Fotografía y el Premio del Jurado al Mejor Guión. La Sección Zabaltegi tiene el Premio Altadis-Nuevos Directores. Otros premios de tradición en Zinemaldia son el Premio del Público y el Premio de la Juventud, otorgado por un jurado de estudiantes de una edad comprendida entre los 17 y los 21 años.