A finales del año 1702 la costa vasca comienza a tomar medidas defensivas y a prepararse ante un posible ataque enemigo. En esta labor destaca la actuación del guipuzcoano Antonio de Gaztañeta, general de la marina y piloto que fue de la armada real del Océano. Ese mismo año de 1702 Gaztañeta fue nombrado superintendente general de los astilleros del cantábrico.
En el año 1705 los territorios de la Corona de Aragón se posicionaron a favor del archiduque Carlos de Austria y en junio del año siguiente el archiduque entró y tomó la ciudad de Madrid con sus tropas. Para hacer frente a la situación se decretó una leva general de 18 a 60 años en algunas provincias, se solicitó ayuda económica y se necesitó el auxilio de tropas francesas.
El 25 de abril de 1707 Felipe V derrotó a los hombres del archiduque en la batalla de Almansa (Albacete), mientras que su aliado Luis XIV sufría varios contratiempos en Europa. Dentro de las filas del monarca Felipe combatió por estos años el Regimiento de Cantabria, regimiento en el que destacaron militares como Tomás de Idiáquez, Francisco José de Emparan o Blas de Lezo.
En 1710 las tropas del archiduque vuelven a invadir algunos puntos de la península y el 28 de setiembre entró por segunda vez en Madrid. La reina María Luisa se refugió en Vitoria. El archiduque fue de nuevo derrotado en las batallas de Brihuega y Villaviciosa, y Felipe V se vio además favorecido por el nombramiento de Carlos como emperador del Sacro Imperio Romano Germánico en 1711. En enero de 1712 comenzó a negociarse la Paz de Utrecht, pero aún continuaron las peticiones de hombres y de dinero debido a que la guerra en Cataluña no había finalizado.
Uno de los puntos más trascendentales de la Paz de Utrecht para los territorios vascos es la cuestión de los bancos bacaladeros de Terranova. Estos bancos fueron cedidos por los franceses a Inglaterra, lo cual perjudicaba a los intereses de los vascos. Entre los años 1714 y 1715 España emprendió negociaciones diplomáticas con Inglaterra para fuese permitida la pesca en esas pesquerías, si bien, esta actividad no llegaría a alcanzar el auge que tuvo en los siglos XVI y XVII.
La guerra se dio por concluida hacia finales del año 1714. España y Francia, las potencias ganadoras, vieron reducidas sus ambiciones y tuvieron que ceder distintos territorios europeos a los países aliados. En el interior de la península, Felipe V suprimió los fueros de Aragón (1707), de Valencia (1707), de Cataluña (1714-15) y de Mallorca (1716). En cambio, no abolió los fueros y las leyes de Navarra y las provincias vascas, territorios que habían luchado a su favor durante la guerra. Las leyes castellanas se irán imponiendo en todos los territorios a excepción de Navarra y las Provincias Vascas.