El mundo cooperativista se enfrenta a diversos retos y problemas. Aspectos como la financiación, la internacionalización y la asociación empresarial afectan, fundamentalmente, a cooperativas pequeñas no integradas en el Grupo Mondragón. Ante estos retos el desarrollo de mecanismos de intercooperación y otras medidas se plantean como algo ineludible.
Respecto a la internacionalización, en el caso del Grupo Mondragón exige la utilización de considerables recursos financieros y diseña una periferia capitalista (conformada con inversiones directas de capital o experiencias joint venture) dependiente del centro cooperativo. Todo ello sitúa la incertidumbre sobre ese factor de desarrollo autosostenido y enraizado en un territorio concreto, que generaba la economía cooperativista.
Los cambios legislativos en los últimos años favorecen la contratación de personal que no sea socio trabajador, aumentando el porcentaje de personal eventual y asalariado, especialmente en el sector servicios. Esta tendencia puede desvirtuar el carácter cooperativista, el sentido de pertenencia, de este tipo de empresas.
Es preocupante la tendencia en la disminución de las inversiones, así como el débil volumen de recursos dedicados a I+D+i, o bien el bajo volumen de patentes. Para responder adecuadamente a los retos de la globalización es necesario aumentar las inversiones, precisamente en I+D+i, así como orientar nuevas inversiones a productos de mayor contenido tecnológico y científico.
Los cambios técnico-productivos conllevan mayor volumen de formación continua. Pero esta formación debe estar estrechamente ligada a la formación autogestionaria como componente esencial de la dinámica empresarial coooperativista .
El diseño participativo de las cooperativas retroalimenta la formación y el capital intangible de la empresa .Este diseño participativo afecta a la organización del trabajo, desarrollando sistemas de mejora continua, grupos de trabajo, etc. Pero esta participación técnico-productiva exige una política de información-comunicación, en todos los ámbitos de la empresa, entre el colectivo de trabajadores y el equipo directivo. Y esto afecta, directamente al proceso de concentración e internacionalización del Grupo Mondragón.
El marco legislativo actual reduce las competencias de las Asambleas Generales y posibilita la concentración de las decisiones en órganos de ámbito superior, de manera que los órganos centrales condicionan la mayoría de las decisiones. Deben existir medidas correctoras que hagan de contrapeso a estas tendencias a la jerarquización en el mundo de las cooperativas.