La legislatura 2004-2008 se ha caracterizado por haber puesto en marcha un nuevo proceso de reforma de los Estatutos de Autonomía iniciado por Cataluña y seguido por Valencia y Andalucía, con otros pendientes de su tramitación.
En el Parlamento de Navarra la Comisión de Régimen Foral acordó en sesión de 6 de noviembre de 2003 la creación de una Ponencia para "estudiar y valorar propuestas en materia de autogobierno en Navarra", que se constituyó el día 17 de febrero de 2004. De su trabajo se ha de destacar que en la sesión de 20 de marzo de 2006 se puso de manifiesto que existía un consenso mínimo sobre algunos aspectos susceptibles de reforma en el Amejoramiento:
- Incluir entre las instituciones de la Comunidad Foral el Consejo de Navarra y la Defensoría del Pueblo creadas por el Parlamento.
- Instituir el Tribunal Superior de Navarra como última instancia judicial respecto al derecho foral, sin perjuicio de las funciones en casación, para unificación de doctrina, propias del Tribunal Supremo, mediante la reforma de la Ley Orgánica del Poder Judicial.
- Fortalecimiento de las competencias de la Cámara de Comptos con competencia exclusiva respecto al sector público de la Comunidad Foral; colaboración con el Tribunal de Cuentas para la fiscalización de alcance estatal que se refieran a un ámbito sectorial determinado de actuación pública; remisión al Tribunal de Cuentas exclusivamente de los informes sobre las Cuentas Generales y el conjunto del sector público local de Navarra; y articulación de mecanismos de relación con la Fiscalía y el Tribunal de Cuentas para el ejercicio de las funciones jurisdiccionales cuando la Cámara aprecie indicios de responsabilidad contable.
- Reforzar a la Administración Local, incorporándola a la Ley Orgánica, "fomentando e intensificando su autogobierno y garantizando su autonomía y suficiencia financiera en el contexto de la integridad de un nivel idóneo de atribuciones competenciales".
- Formación de una Administración única, de modo que "en Navarra, la Administración de la Comunidad Foral ha de ser la Administración ordinaria del Estado en su territorio, a la que se deben transferir las funciones ejecutivas que corresponden a la Administración periférica del Estado y a sus organismos territoriales".
- Relaciones con el Estado, otras Comunidades Autónomas y la Unión Europea. Se propuso "reforzar y profundizar la relación de bilateralidad entre el Estado y Navarra, conforme a la naturaleza y esencia del régimen foral". Respecto a otras comunidades se propuso que, sobre materias compartidas, la Comunidad "participe en los diversos foros de relación multilateral y, singularmente, en aquellos establecidos para conformar la voluntad del Estado". Se terminó proponiendo que "Navarra ha de estar presente en aquellas instancias de la Unión Europea que afecten a las competencias de la Comunidad Foral, con un nivel de participación ponderado a la naturaleza y alcance de dichas competencias".
La falta de voluntad política de los grupos mayoritarios para proseguir el camino de la modificación del Amejoramiento dio lugar a la paralización de las actividades de la ponencia hasta su cierre sin acuerdo en los últimos días de la legislatura. No fue ajena a este hecho la situación que se había planteado en el Estado a partir del debate del proyecto de Estatuto de Cataluña y a la dinámica de cambio conceptual que representaba. Por otra parte, resultaba difícil un acuerdo suficientemente mayoritario entre las diversas y, a veces, antitéticas consideraciones que respecto al autogobierno se habían planteado en las propuestas de los diversos grupos políticos, mucho más en un periodo próximo a las elecciones forales.
Si se observan los puntos de encuentro expuesto, resultan de escaso contenido y ninguno de ellos afecta a cuestiones de autogobierno propiamente dicho, ni siquiera en cuanto a la culminación de las competencias reconocidas por el Amejoramiento y no transferidas. Si ese es el punto de máximo de encuentro, no cabe plantear la cuestión del desarrollo del autogobierno hasta alcanzar la "unidad constitucional", que sería el límite al propio de la Comunidad Foral. En el orden competencial estaría definida por las competencias estatales exclusivas, intransferibles o indelegables por su propia naturaleza, como la nacionalidad y extranjería, las relaciones internacionales, la defensa y las fuerzas armadas (art. 149.1.2ª, 3ª y 4ª CE). Las restantes no están relacionadas con la soberanía, sino con la integración social y económica y la cohesión del conjunto del Estado, en muchos casos configuradas a escala comunitaria, por lo que el Estado ha perdido su exclusividad.
Por tanto, el planteamiento previo de la reforma de la LORAFANA sigue siendo una cuestión pendiente, que habrá de acordarse cuando exista consenso suficiente para hacerlo, teniendo el cuenta que existen "aires de cambio" en cuanto a numerosos aspectos competenciales del régimen autonómico, pendientes de un pronunciamiento del Tribunal Constitucional.