Los agotes han sido objeto de numerosos análisis, pero la mayoría no pasa de descripciones-acumulaciones de datos, y es muy poco lo que ofrece un mínimo rigor científico. También ha sido fuente de inspiración literaria, oral en euskara y gascón, escrita en castellano y francés. Los estudios de Michel y Rochas, ya en el XIX, son los primeros en analizar de forma crítica, además de los orígenes, la situación real de los agotes, la consideración que merecían a los no agotes, condiciones de vida, distribución geográfica, evolución del fenómeno, etc. Para ello investigan en archivos y practican la observación directa. Michel recoge muchos testimonios de tradición oral. Rochas añade comparaciones de rasgos físicos entre agotes y sus vecinos, concluyendo que no hay distinción física entre ellos. Ya en el siglo XX, Idoate transcribe gran numero de documentos referentes a Navarra. Aguirre Delclaux aporta un estudio etnográfico de Bozate y unos reconocimientos médicos a los escolares de Arizkun que concluyen su falta de rasgos distintivos físicos y culturales. El trabajo de Antolini resulta muy innovador porque se centra en la exclusión como fenómeno, no busca lo que de particular pudieran tener los excluidos, sino lo que pretendían los excluyentes. Incluye un trabajo de campo sobre la percepción del fenómeno de bozatarras y arizkundarras. El trabajo de Paronnaud es el más reciente y completo en datos: centrado sobre todo en la Baja Navarra del siglo XVIII, no se preocupa tanto por los orígenes o conflictividad, sino que ha analizado sus patronímicos, sus casas, hábitat, relaciones entre ellos y con sus vecinos, con la nobleza y el clero, sus oficios, sus transacciones económicas, ha hecho el seguimiento de decenas de familias a lo largo del tiempo y del espacio a través de árboles genealógicos, etc.
- AGUIRRE DELCLAUX, Mª Carmen. Los agotes, Pamplona, Institución Príncipe de Viana, 1978.
- ANTOLINI, Paola. Los agotes: historia de una exclusión. Madrid: Istmo, 1986.
- ANTOLINI, Paola. Au-delà de la rivière. Les Cagots: histoire d'une exclusion. Paris, Nathan, 1992.
- IDOATE, Florencio. Documentos sobre agotes y grupos afines en Navarra. Pamplona, Institución Príncipe de Viana, 1973.
- MICHEL, Francisque. Histoire des races maudites de la France et de l'Espagne. San Sebastián: Elkar, 1983, primera edición de 1847.
- PARONNAUD, Jean Claude. Les Cagots, Pau, Centre Généalogique des Pyrénées Atlantiques, 2001.
- RICAU, Osmin. Histoire des cagots. Pau, Princi Néguer, 1999, primera edición de 1963.
- ROCHAS, Vicent. Les parias de la France et de l'Espagne. París, 1876.
- STÜRTZE, Alizia. Agotak, juduak eta ijitoak Euskal Herrian. Bilbao: Txalaparta, 1988.