Además de haber jugado un papel fundamental en el desarrollo de la ikastola de postguerra, a Elbira Zipitria debe reconocérsele el mérito de haber dotado a ésta de un método didáctico nuevo y original, ciertamente avanzado con respecto a la pedagogía española de la época. Ella, persona de carácter inquieto y despierto, procuraba conocer las nuevas teorías y los avances que en materia educativa se producían en Europa, prestando una atención especial a Francia: gracias a su hermana, religiosa residente en Marsella, pudo establecer contacto con una serie de profesores galos a los que planteaba un sin fin de cuestiones pedagógicas y de los que obtenía información y bibliografía especializada sobre el tema. Junto a ello Zipitria mostró siempre un gran interés por la educación de los niños discapacitados mentales. Su trabajo con Miguel Mari Eguia y las experiencias que en este ámbito se realizaban en Cataluña y que personalmente conocía, fueron una importante fuente de inspiración para ella. Elbira defendía que muchos avances en la pedagogía procedían de este campo que obligaba al educador a reflexionar, experimentar y evaluar con mayor profundidad sus métodos y sistemas.
Por otro lado, las conversaciones con personalidades de la cultura tales como Joxe Migel Barandiaran, Mauel Lekuona o Nemesio Etxaniz le servían para profundizar en el conocimiento de la Historia, la Etnografía y la Literatura Vasca. El estudio, análisis y posterior interiorización y adecuación al contexto vasco de los avances pedagógicos que se estaban produciendo, hicieron que Zipitria superara la tradición memorística vigente en España y se encaminara hacia el método intuitivo de María de Montessori. Así por ejemplo, en la enseñanza de las Matemáticas se llegaba a la abstracción realizando un recorrido lógico y progresivo que partía siempre de elementos reales. Los niños y niñas comenzaban contando, sumando y restando objetos (castañas, hojas de árboles...), objetos que luego se representaban en papel: la unidad, la pareja, el trío, los grupos de cuatro, cinco... gatos, ratoncitos, etc. Posteriormente se pasaba a trabajar con canicas; las de barro representaban la unidad y las de cristal la decena. Con juegos en los que participaban dos o tres alumnos se ejercitaban las sumas y las restas de cero a cien elementos mientras el resto de la clase cantaba unas estrofas en las que se describía la operación realizada. Los ejercicios con canicas se representaban después en los cuadernos y finalmente se escribían junto a ellos los signos numéricos correspondientes. Los alumnos de Elbira al cumplir los nueve años dominaban perfectamente, además de la suma y la resta, la multiplicación, la división, el sistema métrico decimal, los ejercicios con quebrados y las nociones básicas de geometría. En más de una ocasión los responsables de los colegios castellanos reconocieron a las andereños el nivel alcanzado en las ikastolas.
Por lo que respecta a la Lengua, el aprendizaje se iniciaba identificando cada vocal con un movimiento corporal y cada consonante con un dibujo o signo determinado. El alumno luego representaba las vocales con palillos en el suelo y las iba uniendo a las diferentes consonantes hasta formar palabras, palabras que pasaban después a escribirse en cuadernos no lineados, con mayúsculas. Una vez dominadas las letras mayúsculas, se enseñaba la escritura con minúsculas. Para la lectura se utilizaban preferentemente dos obras editadas en la preguerra; el "Martin Txilibitu" y el "Xabiertxo". Elbira ponía especial cuidado en que los niños pronunciaran correctamente, entonaran bien y entendieran aquello que leían. También hacia recitar bellos poemas y cantar canciones que tenía perfectamente clasificados según las edades de los alumnos; éste era el mejor método para profundizar en la riqueza del euskera, aprender un léxico rico y conocer las expresiones y onomatopeyas. Con ocho años los estudiantes de las ikastolas aprendían a leer y escribir en castellano así como las nueve partes de la oración gramatical. Junto con las Matemáticas y la Lengua, la educación religiosa ocupaba un papel fundamental. Todos los días se rezaban oraciones y salmos y se estudiaban las Sagradas Escrituras.
Pero Elbira no se limitaba e estas prácticas y conseguía que la Religión se viviera en su ikastola; la muerte de un pariente, el bautizo del hermanito de algún alumno o la boda del primo mayor, eran acontecimientos que la andereño aprovechaba para analizar la dimensión religiosa de los mismos y explicar los Sacramentos. El Catecismo se aprendía mediante lecturas, realización de dibujos y pequeñas representaciones teatrales. Para impartir el resto de las materias, la Historia, la Geografía, las nociones de Ciencias Naturales, se apoyaba principalmente en las salidas o excursiones a la playa de La Concha o al Monte Urgull y en las que los alumnos aprendían los conceptos de isla, cabo, costa, bahía... o a distinguir las diferentes especies de árboles mediante la identificación de su hojas. Elbira se afanaba en que los niños y niñas entendieran aquello que se les enseñaba, razonaba los conceptos y las ideas transmitidas partiendo siempre de la realidad para llegar luego a la abstracción. El método de designación del verbo auxiliar vasco mediante los interrogativos Nor-Nori-Nork tan utilizado hoy en día, se lo debemos a Zipitria, quien al percatarse de que los pequeños no comprendían cuando les decía que identificaran en la oración gramatical el sujeto agente o el sujeto paciente, comenzó a pedirles que localizaran a "Nor jauna" ("Sr. Nor"), a "Nori", a "Nork".