Al estallar la guerra es nombrado Comandante de Intendencia en el cuartel de gudaris del Colegio de Escolapios de Bilbao y director de la revista Gudari, órgano de Euzko Gudarostea. En 1937 aparecen en esta revista, traducidos al euskera, sus cuentos El fusil del Abuelo y La campa de Guztiz Ederra, este último con noticias del bombardeo de Gernika. A los días de éste, cuando el 30 de abril de 1937 enseñaba las ruinas al corresponsal de La Petite Gironde, fue sorpresivamente hecho prisionero por los facciosos e ingresado en el convento de las Carmelitas de Vitoria. Allí conoció la caída de Bilbao y fue fusilado el 25 de junio, a los 32 años de edad.
Su breve testamento reza: "Muero por nacionalista vasco, porque amo con pasión a este desgraciado pueblo. Espero en la bondad de Dios que algún día se logrará lo que este pobre hijo ansió ver en sus días. Vascos, carne de mi carne, sangre de mi sangre; Euzkadi tiene que ser eterna; pero nosotros para ella y la patria para Dios. ¡Cristo, tened piedad de mí!".
Sus papeles de autor, sus posibles originales inéditos -entre los cuales un Diccionario castellano-euskera- y su biblioteca desaparecieron. 19 poesías más en euskera y dos en castellano ven la luz en la reedición de 1974 de sus dos poemarios, 5 de las cuales escritas durante su periodo final en espera de la muerte.
Lauaxeta se mantuvo siempre dentro de la ortodoxia jelkide; no obstante representa a la nueva generación nacionalista que, aun permaneciendo dentro del PNV, se vio profundamente permeada por la sacudida moral de la postguerra europea y las ideas de la generación que abanderó la II República española.
Su muerte, en plena juventud, cortó de raíz la evolución modernista de la poesía euskara. Jon Kortazar dedicó a la vida y obra de este clásico de la literatura vasca la tesis doctoral Teoría y práctica poética de Lauaxeta, que defendió en la Universidad de Deusto en 1985.