No se puede precisar su origen exacto pero se le cita ya en el documento apócrifo de Sancho el Mayor del año 1027. Estuvo bajo la advocación de San Adrián aunque prevaleció la de Santa María. Cuando la reforma cisterciense estaba en pleno desarrollo en la Navarra de Sancho el Sabio -dice Jimeno Jurío- languideció la comunidad benedictina de Iranzu hasta desaparecer. Quedaba en pie la iglesia primitiva de San Adrián. El obispo de Pamplona Pedro de París, deseoso de fundar un nuevo monasterio, donó la iglesia de Iranzu a su hermano Nicolás, el documento en el que se especifica la fundación es del 1176.
Los primeros monjes llegados llevaban a Fray Nicolás de Artajona a la cabeza. Las donaciones, cesiones y concesiones a favor de Iranzu fueron sucediéndose a cargo del rey y de los obispos. En 1180 el papa Adriano III expedía bula de protección apostólica a favor del monasterio y, siete años más tarde, Gregorio VIII.
Su patrimonio fue agrandándose con donaciones y compras, las iglesias de Arteaga y Andéraz por donación del obispo y el lugar de Eraul por compra directa pagando 2.000 maravedís de oro. El nuevo rey Sancho el Fuerte (1150-1234) siguió la misma política de protección a Iranzu bajo el episcopado de García Fernández.
En 1246 el monasterio tenía bajo su jurisdicción a las monjas de Herce, en La Rioja y en 1266 a las de Nuestra Señora de Salas, en Estella.
En la Edad Moderna el monasterio entra en declive, consecuencia de la incidencia de la peste y las guerras civiles que asolan Navarra.
La protección de los carlistas permitió a los monjes seguir viviendo en el monasterio aún despés de la Desamortización de Mendizabal pero en 1839 fueron expulsados definitivamente y el monasterio abandonado cayó rápidamente en ruina hasta que en 1942 la Institución Príncipe de Viana comienza su restauración. Desde 1943 los monjes Teatinos ocupan y regentan el monasterio.