Después de ocupar varios edificios para albergar la escuela, en 1946 se ocupó Villa Soroa en Ategorrieta, hasta 1988, fecha en que se traslada al Campus de Gipuzkoa de la UPV-EHU. Durante el franquismo la escuela se adaptó a todos los cambios de planes existentes y pasó por las mismas vicisitudes propias de esta institución: cambio de profesorado continuo, enseñanza enciclopédica y poco profesionalizante, etc. Con respecto al alumnado se ha podido constatar que durante todo el franquismo estudiaron en esta escuela del orden de unos 2.700 alumnos, de los cuales el 74% eran mujeres y obtuvieron el título un 85% de alumnas y un 79% de alumnos. Como ocurre con el periodo anterior, la mayoría del alumnado procedía de la capital y a continuación de la provincia, aunque también se registra un porcentaje alto de alumnado navarro, siendo la media de edad más alta que lo habitual en este tipo de centros. También hay que constatar el alto porcentaje de alumnado que seguía los estudios de manera no oficial, sobre todo las mujeres. A partir del curso de 1970-71 el aumento del alumnado se duplica, tanto en hombres como en mujeres, debido al nuevo giro que supuso el cambio de planes de estudio y de denominación de las escuelas, que se tenía que adaptar a la Ley General de Educación de 1970. Hay que considerar que el aumento tan exagerado de la matrícula entre los años 1970 y 1974 se debe a un tipo de alumnado que necesitaba adaptarse a la nueva titulación, posiblemente siendo ya maestros o maestras con titulación antigua.
Durante el franquismo también se mantuvo otra Escuela del Magisterio, denominada Nuestra Señora del Junkal, y sustentada por los Hermanos de las Escuelas Cristinas (La Salle) en Irun, y que estuvo en funcionamiento desde 1948 hasta 1970. En principio esta escuela estaba destinada a la formación del profesorado religioso dedicado a la enseñanza, pero con el tiempo fueron muchos los alumnos, tanto religiosos como seglares, que pasaron por esta escuela para convalidar sus estudios por los oficiales en la Universidad de Valladolid. Para ello se utilizaba la modalidad de "alumno libre", lo cual les permitía optar a los exámenes oficiales. Con las nuevas disposiciones legislativas de 1970 esta situación ya no se pudo sostener.