El restablecimiento de esta escuela fue posible, no por ninguna acción voluntaria de la Diputación, sino por la acción gubernativa del Estado a partir de las reforma Gamazo de 1898. Una R.O. de 29 de marzo de 1899, obligó a la provincia a crear una Escuela Normal de Maestras. Desde esa fecha funcionó una escuela normal elemental, hasta que en 1914, con la reforma de Bergamín, se ascienda a superior. En los primeros años se plantearon algunos problemas sobre el edificio, el nombramiento de profesoras y demás personal. Para solucionarlos las relaciones establecidas entre Ayuntamiento y Diputación fueron fundamentales. En cuanto al edificio, se obtuvo la casa nº 8 de la Plaza del Buen Pastor, cuya planta baja se tomó en arriendo por parte de la Diputación. En esta casa estuvieron durante este primer curso la Secretaría y Dirección y en la planta baja del nº 10-Accesorio se instalaron tres aulas, vestuario, portería, etc, y en el entresuelo habitación para la Directora. Las enseñanzas impartidas correspondían a las que legislativamente estaban reconocidas, teniéndose que distribuir la enseñanza por asignaturas entre las tres profesoras titulares y el profesor de religión.
El cambio de escuela normal elemental a superior en 1914 conllevó el aumento de alumnas y de profesorado, pues supuso un cambio de orientación respecto a los títulos del magisterio y una reorganización total de los estudios, donde el carácter profesional y pedagógico quedaba más patente. No obstante, debido a la vigencia de los Conciertos Económicos, la Diputación fue remisa con los pagos y suplicó el reconocimiento de este derecho. La solución llegó a través de una R.O. de 3 de marzo de 1917 por la cual "en lo sucesivo los haberes del personal y material de la Escuela Normal de Maestros de Guipúzcoa serán satisfechos en su totalidad con cargo al presupuesto general del Estado". También se alquiló una villa en el Paseo de Atocha denominada "Villa Elisa", desde 1914. La distancia entre la escuela normal y la escuela graduada aneja (para las prácticas escolares de las alumnas) será un problema, pues esta escuela estaba situada en la calle Sánchez Toca, 5. A partir de 1925, con el Estatuto provincial, la Diputación queda exenta de cualquier pago derivado de la Escuela Normal.
Con respecto al profesorado hay que señalar que esta escuela fue un lugar de paso para muchas profesoras. De su amplia plantilla de profesoras, la mayoría de ellas procedentes de otras escuelas normales del Estado, señalamos algunos nombres de directoras por su más larga permanencia: Luisa Diaz y Recarte, Juana Ugarte Macazaga, Leonor Mercedes Villan y Maria Victoria Jimenez y Crozat, quien ocupó el cargo desde 1909 hasta 1921. También Genoveva del Pino Valsera, quien sucederá a la anterior hasta 1931 y que al convertirse en Escuela mixta, debido a las reformas de la República, la dirección la ocupó un hombre. Respecto a las secretarias, podemos señalar a Josefina Oloriz, Auxiliar de Letras, que ocupó el cargo desde 1921 hasta 1929, fecha en que presenta la renuncia para pasar a la Inspección de las escuelas rurales de la Diputación. Esta profesora pertenecía a la Institución Teresiana y llegó a ser concejala del Ayuntamiento de San Sebastián y miembro de la Comisión de Depuración franquista.
La evolución del alumnado varió pues, si mientras permaneció como escuela elemental el número de alumnas oficiales no supera las 47, llegará hasta 111 en el curso 1923-24, y a partir de esa fecha se superarán las 200 alumnas matriculadas, llegando a las 269 en el curso 1929-30. Respecto a las alumnas libres, y a partir de 1922, se constata un aumento, llegando hasta las 177 alumnas libres matriculadas en el curso 1929-30. A lo largo de toda la vigencia de la escuela, la Diputación mantuvo dos becas para las alumnas carentes de recursos, así como otra beca para cursar los estudios de la carrera del Magisterio como pensionistas en la Institución Teresiana.
Con relación a la procedencia del alumnado, puede afirmarse que la mayoría de las alumnas eran naturales de Gipuzkoa (66%), siguiéndole a más distancia las nacidas en Navarra (7%), Madrid (4%), Bizkaia (3,7%), Burgos (3%), Alava, Zaragoza, Logroño y Valladolid con un 2% aproximadamente, siendo casi inapreciable las procedentes de otras provincias. En 1916 surgió la Asociación de Antiguas Alumnas que tuvo una actividad cada vez más creciente desde 1920.