Los orígenes oficiales de la Javierada se remontan a 1940. Fue entonces, cuando el obispo de Pamplona, Marcelino Olaechea, con los apoyos de la Hermandad de los Caballeros Voluntarios de la Cruz, excombatientes de la guerra civil en el bando de Franco, y algunos miembros de la Juventud de Acción Católica pusieron en marcha y dieron continuidad a esta romería penitencial. Conviene señalar sin embargo, que ya con anterioridad el santuario de Xavier ejercía cierta fascinación en los pueblos navarros y aragoneses de la comarca. Está documentado por ejemplo que en los siglos XIII y XIV, los habitantes de las poblaciones cercanas, acudían en romería al Cristo de la capilla de Xavier durante la novena de Gracia (entre los días 4 y 14 de marzo). El motivo solía ser pedir la concesión de un favor de carácter personal, relacionado con la salud, el trabajo, la familia, etc... Posteriormente, la fama adquirida por san Francisco Xavier, convertido en patrón de Navarra en 1657, ayudó a que este lugar se erigiera poco a poco en un destino de peregrinación supracomarcal.
Hoy, el pueblo y el castillo de Xavier ocupan un lugar periférico en el actual mapa navarro. No fue así en la época medieval. De hecho, este castillo que vigilaba el paso del Aragón y la frontera entre los reinos de Navarra y Aragón, se encuentra a unos cuatro kilómetros en línea recta del monasterio de Leire. Este último fue cuna, refugio y tumba de los primeros reyes navarros. Posteriormente, además, Sancho el Mayor (1004-1035), y sus sucesores (García el de Nájera y Sancho el de Peñalén), promovieron desde aquí un movimiento espiritual, político y cultural que trajo la articulación efectiva del estado medieval. Ello se hizo mediante el impulso del camino de Santiago que coincide a la inversa (al menos en la vía Tolosana) con la ruta de peregrinación a Xavier.
Por su parte, la vida de san Francisco Xavier, así como su partida del castillo natal y su ejemplar peregrinaje por el mundo cobran especial sentido en el momento final (siglo XVI) en que el reino de Navarra es incorporado, tras la conquista, a Castilla.
Estas circunstancias históricas, y el romántico interés por los orígenes de Navarra, que se da en el siglo XIX, en un contexto de creciente perdida de la identidad política del antiguo reino (Ley Paccionada de 1841, etc.), acrecientan el magnetismo de este lugar místico que empieza a sentirse a partir de entonces como catalizador de un cierto navarrismo.
El 4 de marzo de 1886, la diputación foral de Navarra organizó una peregrinación a Xavier, en acción de gracias por haber evitado el santo una epidemia de cólera morbo en Navarra (Arregui,1998:8). Se calcula que aquella primera Javierada de la historia, como la consideran algunos, reunió entre 12.000 y 15.000 navarros (Porcal, 2006:114). Todavía en el siglo XIX, hubo otras javieradas memorables como la que tuvo lugar en 1896, para pedir al santo el fin de la guerra de Cuba (Martínez Magdalena, 2003:76).
Aunque estas romerías decimonónicas a Xavier eran todavía esporádicas, tenían ya la fuerza y el carácter identitario que se atribuye a la peregrinación a Xavier. Lo que hizo el nacional catolicismo en tiempos de Franco, fue darles continuidad y aprovechar el tirón del santo y sus reliquias para -desde las élites- fomentar la idea de un navarrismo ultraconservador que diera cohesión a la unidad provincial.
Ello sin embargo se vio desbordado por la fuerza de un sentimiento más profundo y popular de navarridad que, ya en los años sesenta, supera las diferencias ideológicas, de clase, de género y de localidad, convirtiéndose poco a poco en factor identitario de una nueva sociedad. En ello, intervienen seguramente los cambios socioculturales introducidos en Navarra con la industrialización. En 1959, se instaura la Javierada femenina, que se celebra desde entonces, el siguiente fin de semana; y poco a poco, se suman a la peregrinación personas con motivaciones diferentes de las meramente religiosas: hacer deporte, vivir una pequeña aventura personal, hacer nuevas amistades, mantener la tradición,...
"Lo que era un ritual penitencial (...) se constituye a partir de entonces en una importante afirmación de la identidad colectiva de los navarros. Es el pueblo el que ha ido transformando semánticamente de navarridad esta peregrinación penitencial e iniciática de primavera" (Aguirre Baztán, 1998:55).