En el período barroco la pintura y la escultura sufrieron un retroceso considerable provocado por la crisis económica y a que los fondos que se conseguían destinar a la creación artística se preferían utilizar en la arquitectura, la manifestación que mejor ayudaba tanto al poder religioso como civil a conseguir la relevancia social.
Por tanto, la escultura barroca de Euskal Herria no consiguió la importancia y el prestigio de la renacentista y, en muchas ocasiones, se acudió a talleres de otras zonas de España. De hecho, el estilo que imperó en el siglo XVII fue la prolongación del romanismo, y fueron los seguidores de Juan Antxieta los que dominaron el panorama. De ahí que el nuevo estilo barroco caracterizado por el dinamismo, la expresividad, la acumulación de decoración y la complejidad no llegó hasta el siglo XVIII.
En el siglo XVII, incluso, hubo un período realista protagonizado por la influencia que ejerció en Euskal Herria el trabajo de Gregorio Fernández; el escultor vallisoletano intervino en diferentes retablos entre los que destacan en Álava el retablo de la iglesia de San Miguel en Vitoria-Gasteiz, y en Gipuzkoa el de la iglesia de San Pedro en Bergara. En cambio, en los retablos de las iglesias de San Juan Bautista de Hernani y San Esteban de Oiartzun, ambas en Gipuzkoa, todavía se aprecia la influencia del romanismo. En Navarra, destacamos en este período el retablo de la iglesia de Santa María de Viana, el de San Miguel de Cárcar y el de Santa María de Los Arcos.
A partir de la primera mitad del siglo XVIII, aparece una nueva generación de escultores vascos - Felipe de Arizmendi, Juan Bautista de Suso, Juan de Apeztegui, Martín Bidatxe - que comienzan a introducir características barrocas en algunas obras como los retablos de las iglesias de San Miguel de Oñati y San Martín de Andoain, ambas en Gipuzkoa, y en Iparralde, en el retablo de la parroquia de San Juan de Luz.
Sin embargo, la verdadera transformación se produjo cuando en la segunda mitad del siglo XVIII el taller de los Churriguera comenzó a trabajar en Euskal Herria. De este modo, llegó a nuestro territorio el estilo rococó, en el que se reduce parcialmente la decoración pero se añade a la estructura del retablo mucha más inestabilidad y movimiento, al combinar líneas rectas y curvas, frontones fragmentados, cornisas voladas y complejas columnas que se apoya sobre baquetones. En este estilo también trabajaron, además de los Churriguera, un buen número de escultores vascos -Tomás de Jáuregui, Francisco Vergara,Miguel de Yrazusta - en retablos como el de la iglesia de Santa María de Elorrio en Bizkaia, el de la iglesia de la Asunción de Lerín y de San Martín de Lesaka en Navarra y, en Gipuzkoa, en los retablos mayores de las iglesias del monasterio de Bidaurreta en Oñati, de la Basílica de Loiola, de San Juan Bautista de Pasaia Donibane y de Santa María de Donostia.
En cuanto a la pintura, esta fue la disciplina artística que más sufrió las consecuencias de la crisis económica. Por ello, los ejemplos que conservamos, además de no ser numerosos, la mayoría son fruto de adquisiciones realizadas en otras zonas de Europa. En cuanto al tema, predomina la temática religiosa, ya que tanto la nobleza como la burguesía vasca encargaba las obras de arte para donarlas a las iglesias.
Son numerosas las obras de pintores barrocos españoles que los museos vascos atesoran, entre ellos, destacaremos los trabajos de José de Ribera, Francisco Zurbarán, Mateo Cerezo, Alonso Cano, Antonio Pereda y Juan Carreño de Miranda. También hubo pintores extranjeros que trabajaron en Euskal Herria, como el caso del flamenco Pedro de Obrel, aunque carecemos de ejemplos, tal y como sí existen en el período renacentista. De hecho, el único pintor barroco vasco que destacó fue el navarro Vicente Berdusán, autor de cuadros de temática religiosa en los que refleja los efectos de la luz y los estudios atmosféricos siguiendo una línea clasicista. También tenemos constancia de otros dos pintores vascos, Antonio González Ruiz e Ignacio Huarte, que trabajaron para otros talleres por España, realizando escenas religiosas y paisajes.
Este panorama tan exiguo no significa que no se realizasen otros trabajos pictóricos en Euskal Herria. De hecho, por los restos conservados, tenemos constancia de que en muchas iglesias cuando no había medios económicos suficientes para encargar un retablo, se decoraba la iglesia con representaciones pictóricas que posteriormente eran sustituidas por retablos u otro tipo de decoraciones. Algunos de los numerosos palacios que hemos estudiado, también albergaron pinturas murales, pero la mayoría no se conservan; uno de los escasos ejemplos que nos ha llegado son las pinturas del palacio Barrena de Ordizia en Gipuzkoa; en las mismas, predomina la decoración a base de motivos geométricos y florales, y temas que comienzan a distanciarse de las clásicas representaciones religiosas, anunciando la llegada de un nuevo tipo de sensibilidad artística contemporánea que cambió los cimientos del arte.